Đề án khẳng định sẽ sửa đổi chế độ học phí của các trường công lập theo hướng mức học phí và các chi phí học tập hợp lý khác của hộ gia đình cho con em đi học mầm non và phổ thông không vượt quá 6% thu nhập bình quân của hộ gia đình. Mức học phí cụ thể sẽ do UBND cấp tỉnh trình HĐND cùng cấp quyết định sao cho phù hợp với điều kiện kinh tế-xã hội của địa phương và hộ gia đình trên địa bàn.
Đề án cũng đặt ra việc miễn học phí đối với học sinh tiểu học, học sinh thuộc diện chính sách, diện hộ nghèo theo tiêu chuẩn quốc gia. Giảm học phí cho các đối tượng cận nghèo và gia đình chính sách, ngành nghề khuyến khích.
Theo tính toán của Bộ GD-ĐT, trên cơ sở mức thu nhập bình quân 1 người/tháng của cả nước năm 2008 là 871.000 đồng thì mức học phí mới bình quân tương đương 44.000 đồng/tháng. Tuy nhiên, do thu nhập bình quân của 3 vùng (thành thị, nông thôn, miền núi) khác nhau nên mức học phí của 3 vùng này cũng khác nhau: học sinh khu vực thành thị sẽ phải đóng bình quân 113.000 đồng/tháng nhưng ở khu vực nông thôn thì mức học phí phổ thông chỉ còn 22.000 đồng tháng (dựa trên mức thu nhập bình quân đầu người là 693.000 đồng/tháng) và ở miền núi cơ bản không phải đóng học phí.
Dựa trên tiêu chí này, TPHCM là địa phương có mức đóng học phí cao nhất: 184.000 đồng/tháng (tính theo thu nhập năm 2008) và dự kiến năm 2010, mức học phí bình quân sẽ là 257.000 đồng/tháng. Tiếp đến là Bình Dương là 139.000 đồng/tháng và tăng lên 196.000 đồng/tháng vào năm 2010. Hà Nội đứng thứ 3 với mức học phí 112.000 đồng/tháng và tăng lên 159.000 đồng/tháng vào năm 2010…
Khung học phí đại học cũng chia thành 7 nhóm ngành đào tạo: Khoa học xã hội, kinh tế, luật: 250.000 – 550.000 đồng/tháng; kỹ thuật-công nghệ: 270.000-650.000 đồng/tháng; khoa học tự nhiên: 270.000-650.000 đồng/tháng; nông-lâm-thủy sản: 230.000-550.000 đồng/tháng; y dược: 290.000-800.000 đồng/tháng; thể dục thể thao, nghệ thuật: 270.000-650.000 đồng/tháng; sư phạm: 200.000-500.000 đồng/tháng.
Trong trường hợp SV sư phạm vay vốn tín dụng để đóng học phí, sau khi ra trường, nếu đi dạy học ít nhất 5 năm (đối với đại học, cao đẳng) và 3 năm (đối với trung cấp chuyên nghiệp) thì Nhà nước sẽ xóa nợ (cả gốc lẫn lãi).
Với các ngành đào tạo không chính quy, học phí không vượt quá 150% mức học phí chính quy. Các cơ sở giáo dục ngoài công lập được quyền chủ động xây dựng mức học phí...