Cơ chế độc quyền trong phân phối thuốc tạo cho các hãng dược lớn quyền chi phối giá cả đối với nhiều sản phẩm thuốc. Bên cạnh đó, giá thuốc trong nước cao còn bởi công nghệ và năng lực sản xuất dược phẩm trong nước còn chậm phát triển. Các doanh nghiệp dược Việt Nam hiện vẫn sản xuất các loại thuốc thông thường, chưa chú ý đầu tư sản xuất các loại thuốc chuyên khoa, đặc trị. Năng lực sản xuất thuốc trong nước mới đáp ứng được khoảng 50% nhu cầu; bên cạnh đó, hơn 90% nguyên liệu cho sản xuất phải nhập khẩu. Thuốc sản xuất trong nước chủ yếu mang tên gốc có giá trị thấp, với các dạng bào chế thông thường, tập trung vào khoảng 400 hoạt chất đã hết thời hạn bảo hộ độc quyền sáng chế.
Liên quan tới số lượng hoạt chất được bảo hộ độc quyền sáng chế, hằng năm Cục Sở hữu trí tuệ cấp khoảng 80 bằng độc quyền liên quan đến dược phẩm, nhưng thật ra chỉ có khoảng tám hoạt chất đã được bảo hộ độc quyền sáng chế đưa vào thị trường. Bên cạnh đó, thời gian xem xét để cấp văn bằng sáng chế cũng kéo dài 4-5 năm trong khi theo quy định của Luật Sở hữu trí tuệ là 12 tháng.