Tuy nhiên, mặt trái của nó là cần nhiều phân đạm (3-4 triệu tấn/năm) và thuốc hóa học trừ sâu (khoảng 30.000 tấn/năm, 250 triệu USD) làm ô nhiễm môi trường.
Chúng ta đã qua được thời sản xuất lương thực bằng mọi giá, đến thời sản xuất phải có lời, và đang xuất hiện những mô hình sản xuất vừa có lời, vừa bền vững trong môi trường sinh thái trong lành. Một trong những mô hình này là làm lúa thơm đặc sản bản địa ở nơi thích hợp.
Những giống thơm đặc sản bao gồm: lúa bản địa (Indigenous Rice) như Tám thơm, Nàng thơm chợ Ðào, Nàng nhen, Séng Cù, nếp cái Hoa vàng...; những giống nhập và được dùng hàng chục năm, rất quen thuộc với bà con nông dân nên trở thành giống địa phương như Khaw Dawk Mali, Jasmin, IR 64...; những giống tạo chọn trong nước như OMCS 21 (OM 3536), Hương cốm, và nhiều giống ST thơm, ST 3 Ðỏ...; những giống mới được giới thiệu trong thông tin đại chúng cho gạo đặc sản Koshihikari và Hitomerbore bán ở siêu thị Bắc Kinh và Thượng Hải, mỗi gói 2 kg với giá quy ra tiền Việt là 396.000 đồng và 376.000 đồng. Gạo thơm đặc sản có giá trị cao ngày một cần nhiều cho thị trường trong và ngoài nước.
Lúa trồng ở Việt Nam có đặc tính vượt trội về chất lượng đều là giống bản địa, như lúa Tám thơm, Nàng thơm chợ Ðào, Séng Cù. Giống bản địa Ấn Ðộ có Basmati. Giống bản địa Thái-lan có Khaw Dawk Mali. Giống lúa hiện được cho là đứng hàng đầu thế giới về chất lượng gạo và giá cao là giống lúa thơm Basmati, giá bán một tấn gạo đến hàng nghìn USD. Ngay tại Ấn Ðộ và một số nước, chúng tôi thấy gạo Basmati bày bán mỗi kg đến vài ba USD. Giống lúa thuộc hàng "chiếu dưới" vẫn nổi tiếng và phổ biến khá rộng là giống Khaw Dawk Mali, có giá gạo từ 700-800 USD/tấn.
Nhiều giống lúa khác cho gạo giá có thấp hơn, nhưng so với gạo thông thường cũng gấp rưỡi, gấp đôi, như Jasmin, gạo Japonica, nếp. Chưa thể xác định một giống lúa nào cho gạo đặc sản nhất của Việt Nam và xếp vào "chiếu" nào, vì chưa có đủ cơ sở. Nhưng có lẽ đặc sản nhất của ta chỉ thua gạo Basmati ở hương vị đặc thù và hạt cơm kéo dài gấp 2 đến 2,5 lần hạt gạo, dẻo mà không dính, những đặc tính được khách hàng giàu có, khó tính ưa thích. Tuy nhiên, đã có lần gạo Việt Nam lọt vào thị trường khó tính, đã có lô hàng bán tới 800 USD/tấn, hay bằng gạo Khaw Dawk Mali.
Ở thập kỷ 80 thế kỷ trước, Viện Lúa đồng bằng sông Cửu Long (ÐBSCL) cùng với chuyên gia Ấn Ðộ, đã lấy Basmati và Khaw Dawk Mali về trồng thử ở huyện Mỹ Xuyên và Nông trường 30-4 ven biển. Ðưa ra xa ven biển về phía nội địa, cơm vẫn dẻo, nhưng giảm mất mùi thơm. Do nhiều nhược điểm của hai giống trên, nên diện tích trồng Khaw Dawk Mali bị hạn chế và Basmati bị loại.
Viện Lúa ÐBSCL có hợp tác với JIRCAS của Nhật Bản ở thập kỷ 90 nghiên cứu khảo nghiệm các giống lúa Japonica do các nhà khoa học Nhật Bản mang sang. Ðồng thời công ty Nhật Bản cũng hợp tác với tỉnh An Giang sản xuất thử các giống lúa hạt tròn Japonica. Viện Quy hoạch và Thiết kế NN hợp tác với Nhật Bản trồng lúa Japonica ở Thái Bình và cũng có gạo xuất. Ðến nay chưa xác định được giống lúa nào phù hợp với loại đất nào.
Cũng như các giống lúa bản địa đặc sản của Ấn Ðộ, Nhật Bản và Thái-lan, giống lúa thơm đặc sản bản địa ở ta có yêu cầu rất chặt chẽ về nơi trồng, chưa tìm được cách mở rộng diện tích mà vẫn giữ được mùi thơm độ dẻo đặc trưng. Như giống Nàng thơm chợ Ðào ở ÐBSCL, chỉ trồng ở xã Mỹ Lệ (Cần Ðước, Long An) mới giữ được đặc tính cơm mềm dẻo, mùi thơm rất lâu, hạt cơm bóng như láng dầu. Diện tích trồng lúa Nàng thơm chợ Ðào từ lâu chỉ trong phạm vi 500 ha bởi 1.000 hộ, sản lượng hằng năm khoảng 1.500 tấn thóc. Giống lúa đặc sản Séng Cù ở vùng cao biên giới Lào Cai, Mường Khương, Bát Xát, Si Ma Cai, Bắc Hà... Lúa được cấy trên ruộng bậc thang cao trên 700 m so với mặt biển, chịu lạnh chịu hạn, ngày nắng sương mù, bông và hạt dài, thu hoạch cuối tháng 10, năng suất bình quân 4 tấn/ha, hạt gạo trắng, dài, thơm ngậy, cơm nguội vẫn thơm, dẻo. Giá bán 15-25.000 đồng/kg, đạt 25-30 triệu đồng một vụ. Hiện được trồng trên diện tích 400 ha, cho sản lượng hằng năm khoảng 1.600 tấn thóc. Các loại gạo trên khi có thị trường và đưa vào siêu thị với thương hiệu tín nhiệm, khi loại bỏ gạo dởm cùng tên thường thấy, giá còn có thể cao gấp vài lần.
Nhiều giống lúa thơm cao sản mới có tính thích ứng rộng hơn, trồng được trên diện tích rộng hơn, rất có ý nghĩa về sản lượng lúa gạo hàng hóa giá cao, như OMC21, ST, Jasmin..., tuy không cho gạo có chất lượng bằng những giống đặc sản đặc biệt trên.
Người nông dân đồng bằng sông Hồng (ÐBSH) hiện dùng khá nhiều giống lúa thơm, riêng tập đoàn lúa Tám thơm có tới 142 giống, trong đó hiện được trồng phổ biến hơn có T.Xoan, T.Xuân Ðài, T.Tiêu, T.Nghệ... Các loại lúa thơm đặc sản bản địa khác có khá nhiều, như Dự Thơm, D.Lùn, D.Ðen, Di Hương, Gié Thơm, Nếp cái Hoa vàng, Nếp rồng... Trung tâm Tài nguyên Di truyền thực vật, có sự đóng góp của các nghiên cứu sinh tiến sĩ, đã có một số kết quả nghiên cứu lúa Tám thơm bản địa ở một số huyện vùng ven biển Nam Ðịnh, và phát triển sang địa bàn tỉnh Thanh Hóa. Có nhận xét sản xuất lúa thơm đặc sản trên diện tích khoảng 15.000 ha ở vùng này lời hơn lúa cải tiến khoảng 2-3 triệu đồng/ha, do đầu tư cho sản xuất giảm, mà giá bán lại cao hơn.
Ở vùng ÐBSCL, lúa thơm đặc sản bản địa đang có chiều hướng được khôi phục ở nơi cho hiệu quả cao, trước hết là nơi xuất xứ. Vừa qua, Sở Nông nghiệp và PTNT tỉnh Sóc Trăng tổ chức tại huyện Thạnh Trị một cuộc Hội thảo "hiếm thấy" trong phong trào dùng giống lúa mới cao sản cần nhiều phân và chất hóa học trừ sâu: Chủ đề hội thảo là "Hiệu quả dùng giống lúa Tài nguyên sữa (đục) và chế phẩm nấm xanh nấm trắng trừ rầy". Hội thảo đã quy tụ được 150 nông dân và nhiều nhà khoa học. Người nông dân mấy năm gần đây áp dụng cách này trên ruộng của họ đã thu lợi hơn hẳn dùng giống mới, tương tự như nông dân vùng ven biển Nam Ðịnh trồng lúa Tám thơm đặc sản. Huyện Thạnh Trị đang trồng 1 vạn ha lúa Tài nguyên sữa.
Cũng như ở ÐBSH, cơ quan nghiên cứu ở ÐBSCL còn lưu giữ bảo quản được hàng nghìn giống lúa bản địa, trong đó có hàng chục giống lúa đặc sản như giống Tài nguyên đục, cho gạo giá cao hơn lúa mới. Một số giống khá quen thuộc như: Nàng thơm chợ Ðào, Nàng hương, Tàu hương, Móng chim rơi, Móng chim sắt, Vàng lộng, Trắng dinh, Nàng bu, Tép hành, Nếp thơm, Nếp than, Nếp mù u, Hoa lài, Nàng nhen thơm.
Ðến nay, những giống lúa thơm đặc sản hàng đầu như Basmati, Khaw Dawk Mali đều do phục tráng giống lúa bản địa theo phương pháp chọn mớ (mass selection) và chọn dòng thuần (pure line selection) giữ được đặc tính nguyên thủy. Ðang có những nỗ lực đáng khích lệ về dùng những phương pháp mới nhận diện nhằm cải thiện và nâng cao phẩm chất các giống lúa nhanh hơn và chính xác hơn, như gene maker, điện di protein SDS-Page. Nhiều phương pháp tạo chọn giống mới hướng vào mục tiêu "thơm đặc sản" được áp dụng, và đã có nhiều giống phục vụ sản xuất tốt, như giống OMCS21, TNÐB, Tám thơm đột biến, Hương cốm..., nhưng còn ở "chiếu dưới".