Báo cáo với Đoàn giám sát, các bộ đều khẳng định: hệ thống cơ sở giáo dục đại học trực thuộc các bộ đều đã tuân thủ nghiêm túc các quy định của pháp luật về điều kiện thành lập trường, về đầu tư và bảo đảm chất lượng đào tạo. Công tác bảo đảm vật chất, trang thiết bị đào tạo của các trường đã từng bước đi vào nền nếp, đạt hiệu quả thiết thực, nhất là đối với các trường đại học thuộc sự quản lý của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an. Hầu hết các trường đều bảo đảm được đội ngũ giảng viên có trình độ chuyên môn, cơ bản đáp ứng được yêu cầu giảng dạy và đào tạo. Cũng theo đại diện các bộ trên thì sự hình thành và phát triển mạng lưới các trường đại học, cao đẳng, trung cấp... trực thuộc bộ đều tuân thủ theo đúng Quy hoạch phát triển mạng lưới giáo dục đại học đã được Chính phủ phê duyệt. Hiện, các bộ đang chỉ đạo các trường trực thuộc thực hiện nghiêm túc việc kiểm định chất lượng đào tạo; tăng cường phân cấp, phân quyền cho các trường, giảm dần vai trò chủ quản của các bộ để các trường tự chủ trong việc bổ nhiệm cán bộ, tài chính, đào tạo... Tuy nhiên, các bộ cũng cho rằng, vấn đề khó khăn của hệ thống các trường đại học công lập hiện nay là kinh phí đào tạo còn hạn chế; đầu tư cho giáo dục còn dàn trải; một số trường còn tùy tiện trong việc mở thêm các ngành học mới, gây lãng phí, tốn kém; công tác nghiên cứu khoa học, thu hút giảng viên giỏi còn gặp nhiều khó khăn.
Theo đánh giá của các thành viên Đoàn giám sát, hầu như các bộ chủ quản đều chưa nắm vững tình hình hoạt động, chỉ tiêu tuyển sinh, thu chi tài chính, chất lượng đào tạo của các cơ sở giáo dục do Bộ mình quản lý. Bộ chủ quản và Bộ Giáo dục và Đào tạo với tư cách là cơ quan quản lý nhà nước về giáo dục và đào tạo cũng chưa phối hợp chặt chẽ với nhau. Các thành viên Đoàn giám sát nhấn mạnh: Bộ Giáo dục và Đào tạo phải có trách nhiệm quản lý thống nhất về giáo dục đại học; tức là phải có trách nhiệm quản lý những vấn đề chung về giáo dục, các khối kiến thức chung, phương pháp đào tạo và kiểm định chất lượng đào tạo đồng thời tham mưu cho Chính phủ quản lý quy hoạch chung các cơ sở giáo dục đại học, quy mô, cơ cấu ngành đào tạo của từng bộ... Các bộ với tư cách là bộ chủ quản cần phối hợp chặt chẽ với Bộ Giáo dục và Đào tạo trong việc xây dựng chiến lược đào tạo nguồn nhân lực trên cơ sở cân đối khả năng đáp ứng nhu cầu về nguồn nhân lực của các trường thuộc bộ quản lý với khả năng đáp ứng của các trường không thuộc Bộ nhưng có cùng ngành đào tạo. Về đề xuất tăng học phí của các trường đại học, các thành viên Đoàn giám sát cho rằng, tăng học phí phải theo lộ trình và gắn liền với việc tăng chất lượng đào tạo. Bộ Giáo dục và Đào tạo và các bộ chủ quản phải chịu trách nhiệm về việc kiểm định chất lượng đào tạo và giám sát việc tăng học phí của các trường.