Theo Tờ trình của Chính phủ, do khó khăn trong việc thu xếp nguồn vốn và giải phóng mặt bằng nên đến nay vẫn chưa thông tuyến từ Pác Bó đến Đất Mũi, thậm chí nhiều dự án thành phần do thiếu vốn phải tạm dừng, giãn tiến độ thi công. Mặt khác, quy hoạch chi tiết đường Hồ Chí Minh được Thủ tướng phê duyệt tại Quyết định số 194/QĐ-TTg năm 2012 đã điều chỉnh chiều dài, hướng tuyến, quy mô của một số đoạn để phù hợp với Quy hoạch phát triển mạng lưới đường bộ cao tốc và Quy hoạch phát triển giao thông – vận tải đường bộ đến năm 2020, định hướng đến năm 2030. Do đó, Chính phủ đề nghị điều chỉnh tiến độ giai đoạn 2, giai đoạn 3 của dự án đường Hồ Chí Minh theo hướng: lùi thời gian hoàn thành việc thông tuyến từ Pác Bó đến Đất Mũi sang năm 2015; các đoạn tuyến còn lại và một số cầu hoàn thành trong giai đoạn đến năm 2020; tăng chiều dài toàn tuyến thành 3.183km.
Các đại biểu cơ bản nhất trí với Tờ trình của Chính phủ, song một số ý kiến cũng cho rằng, khó khăn về vốn và giải phóng mặt bằng hiện chưa khắc phục được nên để đạt được mục tiêu thông tuyến từ Pác Bó đến Đất Mũi vào năm 2015 vẫn khó khả thi. Các ý kiến này đề nghị, nên điều chỉnh mục tiêu thông tuyến từ Pác Bó đến Đất Mũi đến năm 2020 khi cầu Vàm Cống, cầu Cao Lãnh, các đoạn tuyến quan trọng khác hoàn thành; giai đoạn từ năm 2013 đến 2015 tập trung hoàn thành các đoạn có nhu cầu cấp thiết đã phê duyệt dự án đầu tư, xác định rõ nguồn vốn thực hiện. Chính phủ cần xác định rõ những cơ chế, chính sách đặc thù để huy động nguồn thực thực hiện đường Hồ Chí Minh, nhất là cơ chế về huy động vốn, giải phóng mặt bằng.