Nhiều ý kiến cho rằng việc sửa đổi Luật cần bảo đảm tính thống nhất của hệ thống pháp luật, nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý Nhà nước trong lĩnh vực hải quan, phục vụ yêu cầu đấu tranh phòng, chống các hành vi gian lận thương mại, trốn thuế, làm thất thu ngân sách Nhà nước và tham ô, tham nhũng trong quá trình hoạt động xuất, nhập khẩu hàng hóa.
Nhận thấy việc bổ sung quy định về quản lý rủi ro trong hoạt động hải quan là cần thiết, đáp ứng yêu cầu nội luật hóa các quy định trong Công ước KYOTO của Tổ chức Hải quan Thế giới và yêu cầu hiện đại hóa công tác quản lý trong lĩnh vực hải quan, song các đại biểu cho rằng quy định tại Điều 17 dự thảo Luật chưa làm rõ nội hàm và các nguyên tắc cơ bản của việc áp dụng quản lý rủi ro trong hoạt động hải quan để bảo đảm tính khả thi trong các quy định của Luật.
Đại biểu Đào Trọng Thi (Hà Nội) cho rằng các đối tượng được xem là rủi ro không thể kiểm tra hết, cần tập trung vào đối tượng có khả năng rủi ro cao nhưng đồng thời phải thực hiện phương pháp kiểm tra xác suất ngẫu nhiên.
Một số đại biểu cũng đề nghị xem lại quy định cho phép lực lượng hải quan tiếp tục truy đuổi để áp dụng các biện pháp ngăn chặn đối với hàng hóa, phương tiện vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới đang di chuyển từ địa bàn hoạt động hải quan ra khu vực khác, được bổ sung trong dự thảo Luật.
Đại biểu Lê Minh Thông (Thanh Hóa) đồng tình với việc vẫn trao quyền thẩm quyền này cho hải quan nhưng cần làm rõ, việc truy đuổi của lực lượng hải quan được tiến hành đến đâu, phối hợp với các lực lượng khác như thế nào, bởi trong việc này, cảnh sát giao thông, cảnh sát điều tra là hai chủ thể rất quan trọng. Chưa hoàn toàn đồng tình với quy định này, đại biểu Nguyệt Hường đề nghị xem xét lại quy định này vì sẽ trùng với thẩm quyền của các ngành khác như bộ đội biên phòng....
Nhiều ý kiến cũng đề nghị dự thảo Luật cần quy định rõ về hồ sơ hải quan; thông quan điện tử; việc xác định trước mã số, xuất xứ, trị giá hải quan; việc kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới./.