Tại Nghị quyết số 32/2012/QH13, Quốc hội quyết định mức bội chi NSNN 162.000 tỷ đồng, bằng 4,8% GDP, sau đó được Quốc hội điều chỉnh mức bội chi là 195.500 tỷ đồng, bằng 5,3% GDP vào năm 2013 theo Nghị quyết 54/2013/QH13. Tuy nhiên, Quyết toán Ngân sách Nhà nước năm 2013 của Chính phủ do Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng trình bày cho thấy, quyết toán số bội chi là 236.769 tỷ đồng, vượt 41.269 tỷ đồng so với mức Quốc hội đã điều chỉnh, bằng 6,6% GDP thực tế.
Bộ trưởng Bộ Tài chính lý giải, bội chi tăng là do tăng chi từ nguồn vốn ODA 29.422 tỷ đồng, tăng chi trả nợ quỹ hoàn thuế giá trị gia tăng 13.190 tỷ đồng phát sinh năm 2011và tăng chi từ nguồn vốn ngoài nước 29.422 tỷ đồng. Tuy nhiên, nhờ kiểm soát chặt chẽ và tiết kiệm chi ngân sách từ nguồn vốn trong nước giảm 1.343 tỷ đồng, nên mức tăng bội chi ngân sách nhà nước là 41.269 tỷ đồng.
Trình bày báo cáo Thẩm tra quyết toán ngân sách nhà nước năm 2013, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính ngân sách Phùng Quốc Hiển cho răng, bội chi ngân sách năm 2013 đã vượt mức cho phép theo Nghị quyết 54/2013/QH13 ngày 12/11/2013 của Quốc hội; việc tăng bội chi so với mức báo cáo Quốc hội thể hiện việc chấp hành kỷ luật tài chính chưa nghiêm.
Chủ nhiệm UB Tài chính ngân sách Phùng Quốc Hiển trình bày Báo cáo thẩm tra quyết toán NSNN năm 2013
Tuy nhiên, Ủy ban Tài chính Ngân sách cho rằng, việc tăng chi trả nợ quỹ hoàn thuế để bảo đảm tính trung thực, minh bạch của quyết toán ngân sách nhà nước là hợp lý. Việc tăng chi ODA do giải ngân tăng nhanh là một kết quả tích cực, thúc đẩy xây dựng cơ sở hạ tầng và tăng trưởng kinh tế, song Chính phủ chưa báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội là chưa phù hợp với khoản 2, Điều 49 của Luật ngân sách nhà nước. Tuy nhiên, đây là số đã phát sinh, do vậy, đề nghị Quốc hội cho phép quyết toán bội chi ngân sách nhà nước 236.769 tỷ đồng, bằng 6,6% GDP.