Báo cáo của Ủy ban nhân dân tỉnh cho thấy, tổ chức bộ máy của các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, Ủy ban nhân dân các huyện, thị xã, thành phố được tổ chức sắp xếp lại theo hướng tinh gọn, giảm đầu mối cơ quan chuyên môn trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, hình thành các cơ quan chuyên môn quản lý đa ngành, đa lĩnh vực với hệ thống tổ chức thống nhất từ Trung ương đến cơ sở. Về cơ bản, chức năng, nhiệm vụ của các sở sắp xếp, kiện toàn đã phù hợp với cơ cấu tổ chức mới, khắc phục cơ bản sự chồng chồng chéo. Số biên chế được giao đảm bảo đúng nguyên tắc, phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan, đơn vị. Tuy nhiên, Báo cáo cũng chỉ rõ quá trình thực hiện việc sắp xếp tổ chức bộ máy phát sinh nhiều vấn đề phức tạp liên quan đến sắp xếp bố trí cán bộ, biên chế, chế độ chính sách và quyền lợi trách nhiệm của cán bộ, công chức. Do vậy, có lúc chưa bảo đảm việc tinh giản biên chế theo quy định.
Để nâng cao hiệu quả cải cách tổ chức bộ máy nhà nước, Ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa đề nghị, Quốc hội, Chính phủ, Bộ Nội vụ nghiên cứu xây dựng tổng thể quy hoạch bộ máy nhà nước từ Chính phủ đến các cấp chính quyền địa phương; Có biện pháp tích cực để chuyển đơn vị sự nghiệp công lập sang loại hình đơn vị sự nghiệp tự chủ hoàn toàn về tài chính, tổ chức bộ máy và biên chế. Chính phủ và Bộ Nội vụ ban hành danh mục vị trí việc làm và định mức biên chế cần quy định theo đặc điểm của ngành, quy mô dân số và đặc thù của từng địa phương để thẩm định và duyệt biên chế sát với thực tế sơ sở.
Đoàn giám sát đánh giá cao báo cáo của Ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa, đã bám sát Đề cương của Đoàn giám sát, nhiều nội dung được phân tích gắn với số liệu cụ thể, có sức thuyết phục. Báo cáo đã làm rõ cơ cấu tổ chức, số lượng của các phòng chuyên môn nghiệp vụ, tổ chức hành chính khác trực thuộc Sở, cơ quan ngang Sở, các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện. Tuy nhiên, Đoàn giám sát đề nghị Ủy ban nhân dân tỉnh làm rõ việc tổ chức các phòng chuyên môn, tổ chức hành chính khác (chi cục) trực thuộc Sở đã bảo đảm đúng quy định pháp luật hay chưa? Với một số Sở trong tỉnh, tỷ lệ công chức giữ chức danh lãnh đạo, quản lý so với công chức chuyên viên ở một số đơn vị khá cao, có gì bất hợp lý không?
Phát biểu kết luận cuộc làm việc, Phó Trưởng đoàn giám sát của Quốc hội, Trưởng Ban Công tác đại biểu Trần Văn Túy nêu rõ, về tổ chức bộ máy các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện của Thanh Hóa cơ bản được giữ ổn định, có số lượng phù hợp với quy định tại các Nghị định của Chính phủ. Tuy nhiên, kết quả rà soát chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, huyện tại địa phương cho thấy còn có một số chồng chéo, bất hợp lý trong việc tổ chức một số phòng chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện. Về biên chế công chức hành chính, sự nghiệp, mặc dù biên chế công chức các cơ quan hành chính không tăng nhiều, nhưng tổng biên chế năm 2016 so với năm 2011 có mức tăng đáng kể.
Phó trưởng Đoàn giám sát đề nghị, Ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa cần sớm có biện pháp khắc phục để giảm số lượng cấp phó ở một số Sở. Để giảm áp lực biên chế và ngân sách, Thanh Hóa cần đẩy mạnh hơn nữa thực hiện cơ chế tự chủ của các đơn vị sự nghiệp công lập, thực hiện chủ trương xã hội hóa hoạt động sự nghiệp, dịch vụ công nhất là trong các lĩnh vực giáo dục đào tạo, y tế, văn hóa, thể dục thể thao. Rà soát lại các chức danh cán bộ không chuyên trách, nghiên cứu quy định thực hiện kiêm nhiệm bắt buộc với một số chức danh.