Tờ trình dự án Luật Tố tụng hành chính nêu rõ: Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính hiện hành đã tạo điều kiện cho việc giải quyết các khiếu kiện hành chính, góp phần bảo vệ lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của công dân; tăng cường pháp chế xã hội chủ nghĩa. Tuy nhiên, thực tiễn giải quyết các vụ án hành chính cho thấy, Pháp lệnh đã bộc lộ nhiều hạn chế. Một số quy định mâu thuẫn với các văn bản quy phạm pháp luật khác; có quy định chưa phù hợp hoặc không còn phù hợp với thực tiễn; một số quy định chưa đầy đủ, thiếu rõ ràng hoặc còn có những cách hiểu khác nhau, đặc biệt là các quy định về thẩm quyền giải quyết các khiếu kiện hành chính của Tòa án nhân dân, điều kiện khởi kiện, thời hiệu khởi kiện, nghĩa vụ chứng minh và cung cấp chứng cứ... Với tính chất phức tạp của các khiếu kiện hành chính, một bên là cá nhân, tổ chức còn bên kia là cơ quan nhà nước nên việc ban hành một đạo luật về Tố tụng hành chính, có giá trị pháp lý cao hơn Pháp lệnh hiện hành là cần thiết nhằm bảo đảm tính đồng bộ và thống nhất của hệ thống pháp luật; góp phần bảo vệ tốt nhất các quyền và lợi ích chính đáng của người dân. Theo dự thảo Luật Tố tụng hành chính, Tòa án có thẩm quyền giải quyết các khiếu kiện với quyết định hành chính, hành vi hành chính, ngoại trừ các quyết định hành chính, hành vi hành chính thuộc lĩnh vực quốc phòng, an ninh, ngoại giao theo danh mục Chính phủ quy định và các hành vi hành chính mang tính chất nội bộ của cơ quan hành chính Nhà nước. Bên cạnh đó, Tòa án cũng được giải quyết các khiếu kiện về danh sách cử tri bầu cử ĐBQH, HĐND các cấp; quyết định kỷ luật thôi việc công chức giữ chức Vụ trưởng và tương đương trở xuống; khiếu nại về quyết định xử lý cạnh tranh... Dự thảo Luật cũng quy định cụ thể các điều kiện khởi kiện vụ án hành chính; thời hiệu khởi kiện; xác minh, thu thập chứng cứ... để phù hợp với các trường hợp khởi kiện hành chính đã diễn ra trong thực tế.
Các thành viên của Ủy ban Tư pháp cơ bản tán thành với việc xây dựng dự án Luật Tố tụng hành chính. Tuy nhiên, một số đại biểu đề nghị, cơ quan soạn thảo cần giải thích rõ khái niệm các hành vi mang tính chất nội bộ của cơ quan hành chính để không gây hiểu nhầm trong quá trình áp dụng pháp luật; quy định thời hiệu khởi kiện dài hơn với một số loại án hành chính phức tạp nhằm giúp cá nhân, tổ chức, cơ quan có thêm thời gian chuẩn bị chứng cứ. Các đại biểu cũng thống nhất, không nên quy định thủ tục thỏa thuận trong tố tụng hành chính. Bởi quan hệ pháp luật hành chính mang tính quyền lực nhà nước, là quan hệ chấp hành điều hành. Trong quá trình giải quyết án hành chính, tòa án sẽ khuyến khích các bên đối thoại để giảm xung đột và chi phí tố tụng.