Theo báo cáo của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công thương, ba năm qua, Chính phủ đã ban hành một số Nghị định nhằm hoàn thiện, đổi mới cơ chế theo hướng mở rộng quyền tự chủ và tăng tính tự chịu trách nhiệm của công ty nhà nước; làm rõ hơn cơ chế quản lý vốn của nhà nước tại các doanh nghiệp, xác định rõ hơn trách nhiệm của từng tổ chức, cá nhân trong việc quản lý và đại diện của phần vốn nhà nước tại các doanh nghiệp. Tuy nhiên, quy định bảo toàn vốn nhà nước nhưng không có cơ chế xác định hiệu quả của vốn nhà nước đầu tư tại doanh nghiệp khiến trách nhiệm của doanh nghiệp còn mờ nhạt. Mặt khác, các tập đoàn, tổng công ty nhà nước khi thành lập đều xác định vốn điều lệ trên cơ sở vốn chủ sở hữu của nhà nước trên sổ sách kế toán tại thời điểm chuyển đổi. Nhưng sau đó, khi quy mô sản xuất kinh doanh thay đổi thì vốn điều lệ không điều chỉnh, bổ sung kịp thời, doanh nghiệp phải vay các nguồn vốn khác với tỷ trọng lớn nên báo cáo tài chính cũng không phản ánh được thực chất nhu cầu sử dụng vốn tại doanh nghiệp. Tình hình tài chính ở nhiều doanh nghiệp nhà nước thuộc quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công thương cũng rất khó khăn, lỗ lũy kế, nợ phải thu khó đòi khá lớn; khả năng thanh toán hạn chế, nợ phải trả quá hạn lớn, thậm chí có những doanh nghiệp bị mất hết vốn nhà nước và đứng bên bờ vực phá sản.
Đoàn giám sát đánh giá cao sự chuẩn bị báo cáo khá công phu, đầy đủ của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công thương. Các thành viên Đoàn giám sát cũng chỉ rõ: các Bộ chưa xác định rõ những lĩnh vực nào nhà nước cần nắm cổ phần chi phối; việc tách chức năng quản lý của Bộ chủ quản đối với các tập đoàn, tổng công ty chưa dứt điểm nên bộ máy vẫn cồng kềnh, kém hiệu quả; vốn nhà nước tại các tập đoàn, tổng công ty có tăng lên nhưng mức tăng chưa tương ứng với các lợi thế; các tổng công ty đầu tư trái ngành, bị thua lỗ, làm thâm hụt vốn của nhà nước cũng chưa bị xử lý nghiêm... Một số chuyên gia tham gia Đoàn giám sát đề nghị: để quản lý và sử dụng hiệu quả nguồn vốn của Nhà nước tại các tập đoàn, tổng công ty thì cần xác định rõ trong từng lĩnh vực, Nhà nước phải nắm tập đoàn, tổng công ty nào; trong từng tập đoàn, tổng công ty, Nhà nước phải nắm công ty mẹ, công ty con nào; chấm dứt ngay tình trạng công ty mẹ cũng có vốn nhà nước, công ty con, công ty cháu cũng có vốn nhà nước...