Các ý kiến tập trung vào hai vấn đề còn nhiều ý kiến khác nhau là tổ chức bộ máy và biên chế và kinh phí của Cơ quan đại diện nước CHXHCN Việt Nam ở nước ngoài. Về tổ chức và biên chế của Cơ quan đại diện, nhiều ý kiến nhất trí rằng, cần tăng cường tính tập trung thống nhất của cơ quan đại diện, đồng thời kế thừa, phát huy những ưu điểm, tính hợp lý của cơ cấu tổ chức hiện đang được áp dụng; Việc tổ chức cơ quan đại diện cần được quyết định tùy theo từng địa bàn cụ thể. Đối với những địa bàn lớn, quan trọng, có nhiều hoạt động có thể tăng cường đầu tư kinh phí, quy mô tổ chức của cơ quan đại diện cũng phải tương xứng. Còn những địa bàn khác, cơ cấu tổ chức có thể đơn giản hơn. Về vấn đề biên chế, do cơ quan đại diện bao gồm cán bộ, công chức của Bộ Ngoại giao và nhiều bộ, ngành khác nên Bộ Ngoại giao cần trao đổi thống nhất với các cơ quan hữu quan trước khi quyết định.
Về kinh phí hoạt động của Cơ quan đại diện nước CHXHCN Việt Nam ở nước ngoài, đa số ý kiến cho rằng, việc phân bổ, quản lý, sử dụng kinh phí phải bảo đảm hiệu quả, tiết kiệm, đáp ứng được thực tiễn hoạt động của cơ quan đại diện. Kinh phí đầu tư xây dựng cơ bản, kinh phí hoạt động thường xuyên... cấp cho Bộ Ngoại giao để phân bổ cho Cơ quan đại diện; Kinh phí phục vụ các hoạt động chuyên môn đặc thù cấp cho cơ quan chủ quản phụ trách hoạt động đó để phân bổ thực hiện.
Liên quan đến nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Cơ quan đại diệnnước CHXHCN Việt Nam ở nước ngoài, cần bảo đảm sự quản lý tập trung thống nhất trong hoạt động của các cơ quan đại diện cùng hoạt động trong một quốc gia, trên cơ sở tuân thủ luật pháp Việt Nam, luật pháp quốc tế và luật pháp nước tiếp nhận, đồng thời xác định rõ địa vị pháp lý của Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài.