Theo dự thảo, cơ quan Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Nhà nước thực hiện kiểm toán thanh tra các hoạt động có liên quan đến cơ quan quản lý thuế theo quy định của pháp luật về Kiểm toán Nhà nước, pháp luật về thanh tra, quy định của pháp luật về quản lý thuế và các quy định của pháp luật có liên quan. Đồng thời với kiến nghị của cơ quan Kiểm toán Nhà nước, kết luận của cơ quan Thanh tra Nhà nước khi kiểm toán, thanh tra tại cơ quan quản lý thuế mà có liên quan đến việc thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế thì cơ quan quản lý thuế thực hiện việc kiểm tra, thanh tra thuế. Trường hợp quyết định xử lý của thanh tra quản lý thuế về việc thực hiện nghĩa vụ thuế phải nộp, hoàn thuế của người nộp thuế có sự khác biệt với kiến nghị của cơ quan Kiểm toán nhà nước, kết luận của cơ quan Thanh tra nhà nước, thì thực hiện theo quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế. Đồng thời cơ quan quản lý thuế báo cáo Bộ trưởng Bộ Tài chính để báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định.
Bày tỏ quan điểm, các đại biểu lo ngại về sự chồng chéo và khi phát sinh kiến nghị về thuế thì không cơ quan nào đứng ra chịu trách nhiệm, vì vậy cần phân tích làm rõ vai trò của hai cơ quan là Kiểm toán Nhà nước và cơ quan thuế.
Cổng thông tin điện tử Quốc hội đã ghi nhận một số ý kiến của các Đại biểu Quốc hội về những khía cạnh khác nhau xung quanh dự án Luật.
Đại biểu Trần Văn Lâm, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Bắc Giang
Đại biểu Trần Văn Lâm, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Bắc Giang: Luật Thuế cần sửa đổi rõ thêm cơ quan thuế cần chịu trách nhiệm về các số liệu tính toán tại doanh nghiệp. Trong trường hợp các cơ quan Kiểm toán thanh ta thấy nghi vấn về những số liệu này, cơ quan thuế phải phối hợp với các doanh nghiệp để cung cấp thông tin. Cần làm rõ hơn nữa trách nhiệm và giới hạn của cơ quan thuế trong dự thảo Luật lần này.
Đại biểu Thạch Phước Bình, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Trà Vinh
Đại biểu Thạch Phước Bình, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Trà Vinh: Về những hành vi bị nghiêm cấm tại Điều 6 trong dự thảo Luật, tôi đề nghị ban soạn thảo xem xét bố cục sắp xếp theo từng nhóm đối tượng là cán bộ quản lý thuế và người nộp thuế đảm bảo tính rõ ràng minh bạch.
Về quyền hạn trách nhiệm Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Nhà nước, tôi đề nghị cần quy định thống nhất Kiểm toán Nhà nước hay thanh tra Nhà nước sẽ chịu trách nhiệm trước pháp luật về những kết luận của mình.
Đại biểu Phan Thái Bình, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Quảng Nam
Đại biểu Phan Thái Bình, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Quảng Nam: Hiện nay có tình trạng doanh nghiệp hoạt động một nơi nhưng lại nộp thuế một nơi, địa phương nơi doanh nghiệp đặt nhà máy, công xưởng không thu được thuế khi doanh nghiệp chỉ thực hiện tại nơi đăng ký trụ sở kinh doanh. Đây là một sự bất hợp lý tồn tại lâu nay vẫn chưa được giải quyết. Đề nghị Ban soạn thảo rà soát chỉnh sửa lại điều này theo hướng các doanh nghiệp phải kê khai đăng ký nộp thuế tại nơi có phát sinh nghĩa vụ nộp thuế.
Đại biểu Dương Quốc Anh, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Gia Lai
Đại biểu Dương Quốc Anh, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Gia Lai: Hiện nay chế tài xử lý xử phạt việc trốn thuế vẫn còn nhẹ, chưa đủ tính răn đe khiến tình trạng trốn thuế, nợ thuế vẫn còn khá phổ biến cùng với đó là việc tiêu cực trong quá trình nộp thuế khi có sự thông đồng giữa một số cán bộ cơ quan thuế với người nộp thuế. Đề nghị Chính phủ và ban soạn thảo nghiên cứu sao cho có chế tài quản lý phù hợp.