Nhưng vấn đề cơ bản cần để khắc phục các tồn tại trong thời gian qua là các biện pháp quy định nhằm rút ngắn thời gian làm thủ tục, giảm phiền hà cho người dân và doanh nghiệp thì dự thảo vẫn chưa cụ thể, rõ ràng, nhất là đối với các hoạt động kiểm tra, giám sát hàng hóa, chưa có các quy định cụ thể nhằm ngăn chặn được các hành vi tiêu cực, tham nhũng trong lực lượng hải quan. Tôi xin đề nghị Ban soạn thảo nghiên cứu để bổ sung các quy định về các vấn đề nêu trên.
Luật hải quan có tác dụng mạnh, trực tiếp đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của cá nhân, doanh nghiệp. Nhưng trong dự thảo luật chưa có chương, điều nào quy định về quyền khiếu nại, tố cáo, thời hiệu thực hiện khiếu nại, tố cáo của các tổ chức, cá nhân liên quan. Đồng thời cũng chưa có quy định cụ thể trách nhiệm của cơ quan hải quan và người đứng đầu của cơ quan quản lý nhà nước về hải quan khi xảy ra các sai sót vi phạm. Đề nghị nên quy định cụ thể hơn vấn đề này trong dự thảo luật để hạn chế thiệt hại cho doanh nghiệp, cá nhân có liên quan.
Đề nghị dự thảo luật cần bố trí một điều để quy định các hành vi bị cấm trong hoạt động hải quan nhằm bảo đảm được tính logic, chặt chẽ của bố cục dự thảo luật. Trong khi đó quy định thành 2 nhóm hành vi đối với cán bộ, công chức hải quan và đối với các tổ chức, cá nhân liên quan trong việc thực hiện tổ chức hải quan. Vì trong dự thảo luật các hành vi này chưa rõ ràng và được bố trí tản mạc ở những điều luật nêu trên trên các lĩnh vực khác nhau.
Một số điều cụ thể hệ thống tổ chức của hải quan quy định của Điểm b, Khoản 1, Điều 13, gồm có Cục hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, tôi xin đề nghị nên xem xét lại để quy định cụ thể hơn về hoạt động của hai mô hình này. Vì việc quy định trên một địa bàn có từ 2 - 3 cục hải quan tỉnh và liên tỉnh sẽ gặp khó khăn phức tạp trong việc công tác chỉ đạo hoạt động và phối hợp hoạt động, nhất là các hoạt động kiểm tra dễ bị chồng chéo, cũng dễ bị sơ hở cho các hành vi tiêu cực gian lận trong khi đó bộ máy hải quan bị phình ra to. Vì vậy đề nghị nên xem xét để có quy định đặc thù đối với các địa bàn có nhiều hoạt động xuất, nhập cảnh để hạn chế được việc thành lập thêm các cục, tổ chức v.v... làm tăng bộ máy hoạt động gián tiếp trong lĩnh vực hải quan.
Về quy định thủ tục hải quan, Khoản 2, Điều 20 quy định "khi làm thủ tục hải quan, cơ quan hải quan, công chức hải quan phải tiếp nhận và đăng ký hồ sơ hải quan, kiểm tra hồ sơ hải quan và kiểm tra thực tế hàng hóa, phương tiện vận tải, thu thuế, lệ phí và ra quyết định thông quan hàng hóa, giải phóng hàng hóa, xác nhận phương tiện vận tải đã hoàn thành thủ tục hải quan" với nhiệm vụ của cơ quan hải quan, công chức hải quan, bảo đảm xử lý nghiêm các trường hợp không đủ hồ sơ, giấy tờ và vi phạm các quy định của luật pháp về hải quan. Đề nghị cần thiết phải bổ sung một khoản vào Điều 20 quy định việc áp dụng hình thức xử lý là dừng thông quan, tạm dừng thông quan đối với các hàng hóa phương tiện vận tải vi phạm các thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật.