Theo Tờ trình, Luật Thuế bảo vệ môi trường được Quốc hội khóa XII thông qua ngày 15/11/2010 tại kỳ họp thứ 8 (có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2012). Qua 5 năm triển khai thực hiện, Luật Thuế bảo vệ môi trường đã đạt được những mục tiêu, yêu cầu khi ban hành, góp phần nâng cao trách nhiệm và nhận thức của xã hội đối với môi trường; khuyến khích sản xuất, tiêu dùng hàng hóa thân thiện với môi trường; qua đó đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế bền vững, khuyến khích phát triển kinh tế đi liền giảm ô nhiễm môi trường.
Tuy nhiên, qua tổng kết, đánh giá tình hình thực hiện cho thấy chính sách thuế bảo vệ môi trường đã bộc lộ một số vướng mắc cần được hoàn thiện nhằm đảm bảo chính sách thuế bảo vệ môi trường là một công cụ kinh tế quan trọng góp phần hạn chế việc sản xuất và sử dụng hàng hóa gây ô nhiễm môi trường, khuyến khích việc sản xuất, sử dụng hàng hóa thân thiện với môi trường, hướng tới phát triển bền vững.
Luật Thuế bảo vệ môi trường cần thiết phải được nghiên cứu sửa đổi, bổ sung để thể chế hóa quan điểm, chủ trương của Đảng và chính sách của Nhà nước về hoàn thiện chính sách tài chính hướng tới phát triển bền vững và nhằm mục tiêu cơ cấu lại nguồn thu Ngân sách nhà nước; đồng thời khắc phục vướng mắc của Luật Thuế bảo vệ môi trường hiện hành.
Do hình thức Luật là Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế bảo vệ môi trường nên dự thảo Luật được thiết kế gồm 3 Điều: Điều 1, Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế bảo vệ môi trường; Điều 2, Bãi bỏ một số khoản của Luật Thuế bảo vệ môi trường; Điều 3, Hiệu lực thi hành.
Về phạm vi điều chỉnh, tại Điều 1 Luật Thuế bảo vệ môi trường quy định về phạm vi điều chỉnh như sau: “Luật này quy định về đối tượng chịu thuế, đối tượng không chịu thuế, người nộp thuế, căn cứ tính thuế, khai thuế, tính thuế, nộp thuế và hoàn thuế bảo vệ môi trường”.
Trình bày báo cáo thẩm tra dự án Luật, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính, Ngân sách Nguyễn Đức Hải nêu rõ, Thường trực Uỷ ban Tài chính, Ngân sách cơ bản nhất trí với Tờ trình của Chính phủ về sự cần thiết phải sửa đổi Luật. Tuy nhiên, Thường trực Uỷ ban Tài chính, Ngân sách cho rằng, nội dung của Tờ trình và Dự thảo luật chưa thực sự đảm bảo để thực hiện các mục tiêu đề ra, do đó đề nghị Chính phủ cần tiếp tục nghiên cứu để sửa đổi một cách toàn diện Luật Thuế bảo vệ môi trường.
Dự thảo luật chưa phù hợp với chiến lược cải cách về thuế bảo vệ môi trường; chỉ điều chỉnh tăng khung thuế suất của một số hàng hoá nhất định, trong khi hiện nay mức thuế thực tế đang thực hiện ở một số loại hàng hoá có số thu chính, chủ yếu, quan trọng, chiếm tỷ lệ trên 93% tổng số thu thuế bảo vệ môi trường (xăng, dầu diezel, dầu mazut...) vẫn chưa điều chỉnh tăng đến mức trần. Bên cạnh đó, đánh giá tác động của việc sửa đổi lần này chưa thực sự thuyết phục, chưa làm rõ được những tác động cụ thể đến doanh nghiệp, người dân, tăng trưởng kinh tế..., vẫn chủ yếu tập trung vào việc tăng thu Ngân sách nhà nước hoặc để thuận tiện cho công tác quản lý của cơ quan Nhà nước nên sẽ khó thuyết phục dư luận và sự đồng tình của xã hội.
Về nội dung cụ thể, đối với túi ni lông thuộc diện chịu thuế, đa số ý kiến trong Thường trực Uỷ ban Tài chính, Ngân sách đề nghị cần bổ sung các sản phẩm màng ni lông, tấm ni lông, dải ni lông, cuộn ni lông dạng ống... được làm từ màng nhựa polyetylen vào đối tượng chịu thuế tương tự như túi, bao bì để bảo đảm thống nhất với việc sửa đổi về đối tượng chịu thuế đối với dung dịch HCFC.
Về bổ sung đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường, Tờ trình Chính phủ giải trình về việc chưa bổ sung một số đối tượng gây ô nhiễm môi trường vào đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường trong lần sửa đổi lần này (như ắc quy, máy tính, lốp xe, hóa chất tẩy rửa, thuốc bảo vệ thực vật không khuyến khích, phốt pho vàng,...). Thường trực Uỷ ban Tài chính, Ngân sách đề nghị Chính phủ cần nghiên cứu, xem xét, lựa chọn những sản phẩm gây ảnh hưởng đến môi trường được sử dụng phổ biến để bổ sung vào diện chịu thuế, góp phần hạn chế việc sử dụng quá mức các chất gây ô nhiễm môi trường trong dân cư, bảo đảm bao quát đầy đủ các đối tượng gây ô nhiễm môi trường.
Do còn nhiều ý kiến khác nhau giữa cơ quan soạn thảo và cơ quan thẩm tra, qua nghiên cứu Tờ trình của Chính phủ và nghe qua các phương tiện thông tin đại chúng, dư luận xã hội, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân cho rằng, trong tình hình hiện nay việc tăng thuế suất không thuận vì Thủ tướng Chính phủ đang mong muốn tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp, tạo không khí phấn khởi cho nhân dân làm ăn. Dự án Luật sửa đổi lần này còn nhiều ý kiến khác nhau quá.
Vì vậy, Chủ tịch Quốc hội đề nghị Bộ Tài chính về báo cáo Chính phủ chuẩn bị thêm, cần chuẩn bị toàn diện hơn, bao quát hơn những đối tượng phải chịu thuế bảo vệ môi trường và hợp lý giữa những đối tượng chịu thuế, những sản phẩm mặt hàng chịu thuế. Đồng thời, Tờ trình phân tích sự cần thiết sửa đổi luật này tính thuyết phục chưa thực sự cao, cần xem xét lại.
Kết luận nội dung thảo luận, Phó Chủ tịch Quốc hội Phùng Quốc Hiển nêu rõ, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đề nghị Chính phủ về nghiên cứu thêm, cân nhắc và tiếp thu đầy đủ ý kiến tại phiên họp này để hoàn thiện lại dự án Luật trình Ủy ban thường vụ Quốc hội xem xét tại các phiên họp sau.