Theo Tờ trình của Chính phủ, Pháp lệnh Bảo vệ và kiểm dịch thực vật được Ủy ban Thường vụ Quốc hội khóa X thông qua ngày 25/7/2001 và có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2002, thay thế Pháp lệnh Bảo vệ và kiểm dịch thực vật năm 1993. Sau 10 năm thi hành, Pháp lệnh đã góp phần quan trọng, tạo cơ sở pháp lý trong việc phòng trừ sâu bệnh, ngăn chặn kịp thời dịch hại, bảo vệ an toàn sản xuất nông nghiệp; tăng cường hiệu lực quản lý Nhà nước về công tác bảo vệ thực vật, kiểm dịch thực vật và quản lý thuốc bảo vệ thực vật; góp phần ổn định và phát triển sản xuất nông nghiệp bền vững, bảo đảm an ninh lương thực, nâng cao đời sống nhân dân và thúc đẩy xuất khẩu sản phẩm nông nghiệp của Việt Nam.
Tuy nhiên, sau 10 năm thực thi, Pháp lệnh năm 2001 đã bộc lộ nhiều hạn chế, chưa đáp ứng được những đòi hỏi của hoạt động quản lý Nhà nước trong điều kiện phát triển nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa và xây dựng Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa ở Việt Nam. Các quy định của Pháp lệnh chỉ mang tính cụ thể trước mắt, chưa xác lập những quy định pháp luật với tầm nhìn chiến lược cho một giai đoạn phát triển mới.
Qua thảo luận, các thành viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội nhất trí về sự cần thiết ban hành Luật như Tờ trình của Chính phủ, đồng thời nhấn mạnh việc ban hành Luật còn nhằm thể hiện rõ quan điểm đổi mới của Đảng và Nhà nước trong công tác Bảo vệ và kiểm dịch thực vật, phục vụ cho việc xây dựng nền nông nghiệp phát triển toàn diện theo hướng hiện đại, bền vững, sản xuất hàng hóa lớn, có năng suất, chất lượng, hiệu quả và khả năng cạnh tranh cao, góp phần bảo đảm an toàn thực phẩm, bảo vệ môi trường, phát triển bền vững kinh tế-xã hội.
Các ý kiến đều cho rằng nội dung Dự thảo Luật đã bảo đảm tính hợp hiến, hợp pháp, tính thống nhất với hệ thống pháp luật Việt Nam và tính tương thích với các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên. Tuy nhiên, trong Dự thảo Luật, quy định về thẩm quyền của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn tạm ngừng hoặc cấm nhập khẩu, xuất khẩu hoặc cho phép tiếp tục xuất khẩu, nhập khẩu vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật tại Khoản 3 Điều 35 là chưa thống nhất với Luật Thương mại.
Dự thảo Luật không quy định về Danh mục thuốc bảo vệ thực vật hạn chế sử dụng là chưa thống nhất với quy định của Luật Hóa chất, các ý kiến đề nghị Ban soạn thảo giải trình rõ về vấn đề nêu trên.
Về đối tượng điều chỉnh của Dự án Luật, đa số các ý kiến tán thành với đối tượng điều chỉnh của dự thảo Luật là thực vật. Tuy nhiên, các thành viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội đề nghị Ban soạn thảo cần làm rõ khái niệm “thực vật” và khái niệm “tài nguyên thực vật” đồng thời bổ sung giải thích khái niệm “thực vật” vào Điều 3 về giải thích từ ngữ.
Liên quan đến trách nhiệm quản lý Nhà nước về Bảo vệ và kiểm dịch thực vật, nhiều ý kiến đề nghị làm rõ trách nhiệm của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn trong quản lý nhà nước về Bảo vệ và kiểm dịch thực vật; trách nhiệm phối hợp của các bộ, cơ quan ngang bộ với Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn và phân định rõ trách nhiệm quản lý nhà nước giữa Ủy ban Nhân dân cấp tỉnh, huyện và cấp xã trong việc quản lý Nhà nước về Bảo vệ và kiểm dịch thực vật.
Về thẩm quyền công bố dịch, nhiều ý kiến cho rằng thẩm quyền công bố dịch giao cho Chủ tịch Ủy ban Nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương là phù hợp với yêu cầu quản lý Nhà nước về Bảo vệ và kiểm dịch thực vật ở nước ta nhằm tăng cường tính chủ động của chính quyền địa phương để huy động kịp thời nguồn lực trong việc chống dịch. Tuy nhiên, các thành viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội đề nghị Ban soạn thảo cần làm rõ thẩm quyền công bố dịch trong trường hợp dịch bệnh thuộc diện quy định tại Điểm a Khoản 1 xảy ra đồng thời ở nhiều tỉnh không liền kề.
Tại Phiên họp, các thành viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội cũng dành nhiều thời gian thảo luận về về kiểm dịch thực vật; về quản lý thuốc bảo vệ thực vật; xử lý thuốc bảo vệ thực vật bị thu hồi, tiêu hủy, thu gom và xử lý thuốc bảo vệ thực vật sau sử dụng.../.