Theo Tờ trình của Viện kiểm sát nhân dân tối cao, sau 10 năm thi hành Bộ luật tố tụng hình sự năm 2003 đã bộc lộ nhiều hạn chế, bất cập trong công tác tố tụng. Đặc biệt, sự ra đời của Hiến pháp 2013 đã thể hiện sâu sắc quan điểm của Đảng ta về tôn trọng, bảo vệ, bảo đảm quyền con người, quyền công dân, bổ sung nhiều nguyên tắc tư pháp tiến bộ, bổ sung và làm rõ hơn nhiệm vụ của Tòa án nhân dân và Viện kiểm sát nhân dân khi thực hiện chức năng Hiến định. Những sửa đổi, bổ sung này đòi hỏi phải được cụ thể hóa trong Bộ luật tố tụng hình sự (sửa đổi).
Bên cạnh đó, trong thời gian qua, Quốc hội đã ban hành nhiều đạo luật liên quan đến tố tụng hình sự như: Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân, Luật tổ chức Tòa án nhân dân, Luật luật sư, Luật trợ giúp pháp lý, Luật thi hành án hình sự… Quá trình xây dựng dự án Bộ luật tố tụng hình sự phải quán triệt đầy đủ nội dung mới trong các đạo luật nêu trên để đề xuất sửa đổi, bổ sung cho phù hợp, bảo đảm tính thống nhất của hệ thống pháp luật.
Đồng tình với sự cần thiết phải sửa đổi Bộ luật tố tụng hình sự 2003, tuy nhiên Báo cáo thẩm tra của Ủy ban Tư pháp cho rằng, đối với những vấn đề đã ổn định, không vướng mắc và đang phát huy tác dụng thì kế thừa quy định hiện hành, chỉ sửa những vấn đề thực sự cần thiết để thể chế Hiến pháp năm 2013, yêu cầu cải cách tư pháp và để tháo gỡ khó khăn, vướng mắc do thực tiễn đặt ra. Báo cáo thẩm tra cũng nhận định dự thảo lần này đã được sửa đổi cơ bản, toàn diện các quy định về tố tụng hình sự. Dự thảo Bộ luật tố tụng hình sự có tổng số 483 điều, tăng 137 điều so với Bộ luật hiện hành, trong đó sửa đổi 290 điều, bổ sung mới 166 điều, bãi bỏ 19 điều, chỉ giữ nguyên 27 điều.
Đánh giá đây là một bộ luật lớn, có tác động mạnh mẽ đến việc thực hiện quyền con người, quyền công dân, các Ủy viên Ủy ban thường vụ Quốc hội đã tập trung cho ý kiến vào một số vấn đề quan trọng như: Quyền của người bị bắt, bị tạm giữ, bị can, bị cáo không buộc phải đưa ra lời khai chống lại chính mình hoặc buộc phải nhận mình có tội; việc cấp giấy chứng nhận người bào chữa; biện pháp điều tra đặc biệt trong tố tụng hình sự…
Liên quan đến các quy định về quyền của người bị bắt, bị tạm giữ, bị can, bị cáo không buộc phải đưa ra lời khai chống lại chính mình hoặc buộc phải nhận mình có tội, đa số các thành viên Ủy ban thường vụ Quốc hội đồng tình với quy định mới trong dự thảo Bộ luật. Cụ thể, theo quy định hiện hành thì việc khai hoặc không khai và khai báo như thế nào được coi là quyền mà không phải là nghĩa vụ của người bị bắt, bị tạm giữ, bị can, bị cáo, do đó họ có thể thực hiện hoặc không thực hiện quyền này. Thực tiễn cho thấy, lời khai nhận tội của những chủ thể trên mà tự nguyện, không bị ép buộc do bức cung, nhục hình là cơ hội để họ ăn năn, hối cải, hưởng chính sách khoan hồng nhân đạo của Nhà nước ta và cũng là tạo điều kiện để họ tự bào chữa, bảo vệ chính mình. Tuy nhiên, để tăng cường tính minh bạch, dễ hiểu, tạo nhận thức thống nhất trong hoạt động lấy lời khai, góp phần chống bức cung, nhục hình, các Ủy viên Ủy ban thường vụ cho rằng cần quy định theo hướng: người bị bắt, bị tạm giữ, bị can, bị cáo có quyền tự do trình bày lời khai, trình bày ý kiến, không bị ép buộc phải đưa ra lời khai chống lại chính mình, không bị ép buộc phải nhận mình có tội.
Về biện pháp điều tra đặc biệt trong tố tụng hình sự, Ủy ban Thường vụ Quốc hội nhận thấy đây là vấn đề rất phức tạp liên quan đến an ninh, trật tự, đến bí mật điều tra khám phá vụ án, đến quyền con người, quyền công dân, cần phân biệt rõ biện pháp điều tra đặc biệt với tư cách biện pháp điều tra tố tụng công khai là khác với các biện pháp nghiệp vụ trinh sát, an ninh, tình báo. Một số luật đã ghi nhận biện pháp điều tra đặc biệt. Vì vậy, để cụ thể hóa yêu cầu của Hiến pháp năm 2013 “Quyền con người, quyền công dân chỉ có thể bị hạn chế theo quy định của luật…”, bảo đảm thực thi các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên và cũng là để mở rộng nguồn chứng cứ vụ án thì việc ghi nhận trong Bộ luật tố tụng hình sự (sửa đổi) một số biện pháp điều tra đặc biệt ảnh hưởng đến quyền con người, quyền công dân là cần thiết. Tuy nhiên, theo các đại biểu, những quy định trong dự thảo Bộ luật lần này chưa thể hiện được những thắc mắc lớn khi áp dụng biện pháp điều tra này: đó là những trường hợp nào được quy định áp dụng điều tra đặc biệt, những biện pháp điều tra đó cụ thể là gì và ai có thẩm quyền áp dụng?
Đa số các thành viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội đánh giá cao những điểm mới, tiến bộ của dự thảo Bộ luật tố tụng hình sự (sửa đổi). Tuy nhiên, còn một số vấn đề quan trọng cần được nghiên cứu, sửa đổi cho hoàn thiện hơn để kịp trình Quốc hội cho ý kiến trong Kỳ họp thứ 9 này.