Mô hình tổ chức Tòa án là nội dung được nhiều đại biểu Quốc hội tập trung thảo luận. Việc chuyển đổi mô hình tòa án không phụ thuộc cấp hành chính có nhiều ý kiến khác nhau khi đề cập tới việc chuyển đổi các cấp tòa án như trong dự thảo Luật.
Chế định TAND cấp cao nhận được một số ý kiến đồng tình khi cho rằng, đây là thiết chế cần thiết khi TAND Tối cao sẽ không thực hiện nhiệm vụ xét xử phúc thẩm mà chỉ tập trung cho hoạt động giám đốc thẩm, tái thẩm và chức năng quản lý Nhà nước. Ngược lại, có ý kiến lo ngại chế định chưa có tiền lệ này có thể làm cồng kềnh và phức tạp bộ máy Tòa án.
Tương tự là quy định về TAND cấp sơ thẩm. Nhiều đại biểu tán thành với phương án thành lập TAND sơ thẩm khu vực với lý do sẽ khắc phục những hạn chế, bất cập của TAND cấp huyện hiện nay, khi phải “rải” đều ở các địa bàn có điều kiện, khối lượng công việc khác nhau, nơi quá tải, nơi không có việc làm. Trong khi đó, có ý kiến lại cho rằng, việc thành lập theo khu vực là không hợp lý, chưa thuyết phục, có thể gây khó khăn cho việc đi lại của người dân và hạn chế trong việc giám sát hoạt động của Tòa án.
Nhiều đại biểu đề nghị việc triển khai mô hình Tòa án mới cần tổ chức thí điểm, có lộ trình tổng kết và rút kinh nghiệm trước khi đưa vào Luật
Một nội dung quan trọng khác là vấn đề án lệ cũng nhận được nhiều ý kiến khác nhau. Các đại biểu thống nhất cao về sự cần thiết phải chính thức luật hóa vấn đề này, nhưng cũng có ý kiến cho rằng án lệ là vấn đề mới, còn nhiều ý kiến khác nhau cần được cân nhắc kỹ, làm rõ nội hàm của khái niệm “án lệ”; các bản án mẫu mực được lựa chọn làm án lệ có giá trị pháp lý như nguồn của pháp luật hay không, nếu chỉ có giá trị tham khảo thì không nên quy định trong luật
Về quy định về nhiệm kỳ của Thẩm phán, tuổi nghỉ hưu của Thẩm phán cũng còn ý kiến không tán thành việc Thẩm phán TANDTC được bổ nhiệm không kỳ hạn; không tán thành quy định của dự thảo Luật về tuổi nghỉ hưu là 65 tuổi mà cần được thực hiện theo quy định chung, thống nhất như quy định của hệ thống pháp luật lao động và công chức.
Chủ trì phiên họp, Phó Chủ tịch Quốc hội Uông Chu Lưu đánh giá các ý kiến đại biểu đều đề cập tới những vấn đề hệ trọng, cốt yếu của dự luật về một trong những cơ quan cấp cao của hệ thống Nhà nước. Vì vậy, Ban soạn thảo, cơ quan thẩm tra cần tiếp thu đầy đủ, chặt chẽ, để hoàn thiện dự thảo, đưa dự Luật ra thông qua tại kỳ họp Quốc hội cuối năm.