Kết quả đạt được trong công tác xây dựng pháp luật của UBPL Khoá XI cho thấy, so với nhiệm kỳ UBPL Khoá X, số lượng các dự án luật, pháp lệnh, dự thảo nghị quyết mà UBPL chủ trì thẩm tra trong nhiệm kỳ này tăng lên rất nhiều. Tính đến tháng 12.2006 UBPL đã chủ trì thẩm tra 27 dự án luật, 01 dự thảo nghị quyết của Quốc hội, 14 dự án pháp lệnh, chủ trì soạn thảo 38 dự thảo nghị quyết của UBTVQH. Trong số này có những dự án lớn với phạm vi điều chỉnh rộng, chứa đựng nhiều nội dung quan trọng và phức tạp như Bộ luật dân sự, Bộ luật Tố tụng Dân sự, Bộ luật Tố tụng Hình sự, Bộ luật Thi hành án, Luật về hội, Luật Phòng, Chống tham nhũng, Nghị quyết của Quốc hội về nhà, đất trước ngày 1.7.1991... Các báo cáo thẩm tra của Ủy ban luôn thể hiện đúng đắn các quan điểm, đường lối chính sách của Đảng, thể hiện bản lĩnh của Ủy ban trong việc đấu tranh với những biểu hiện hữu khuynh, cục bộ; Nội dung các báo cáo đều có chất lượng tốt, có cơ sở thực tiễn, căn cứ pháp luật và khoa học tạo điều kiện để Quốc hội, UBTVQH xem xét, quyết định; hầu hết các ý kiến của Ủy ban đều được Quốc hội, UBTVQH chấp thuận, được các cơ quan hữu quan tiếp thu.
Nhiệm vụ của UBPL trong việc bảo đảm tính hợp hiến, hợp pháp, tính thống nhất của hệ thống pháp luật được thực hiện thông qua việc Thường trực UBPL tham gia thẩm tra và tham gia chỉnh lý các dự án do Ủy ban khác của Quốc hội chủ trì thẩm tra. Thực tế cho thấy các ý kiến của Thường trực Ủy ban đã được các cơ quan hữu quan nghiên cứu tiếp thu, trong trường hợp cần thiết Ủy ban đã họp toàn thể để thẩm tra hoặc tổ chức lấy ý kiến các thành viên Ủy ban về tính hợp hiến, hợp pháp, tính thống nhất của hệ thống pháp luật của các dự án trình Quốc hội như đề án giáo dục, cải tạo sau cai nghiện của thành phố Hồ Chí Minh; Về cơ quan điều tra hành chính trong dự thảo Luật quản lý thuế... Bên cạnh đó, Thường trực Ủy ban đã thường xuyên cử thành viên tham gia vào quá trình chuẩn bị các dự án mà Ủy ban có trách nhiệm tham gia thẩm tra, kịp thời đóng góp ý kiến nhằm nâng cao chất lượng của dự thảo luật, pháp lệnh, nghị quyết, khắc phục tình trạng khi dự án trình ra Quốc hội, UBTVQH ý kiến còn quá khác biệt giữa UBPL và cơ quan soạn thảo.
Mặc dù, đạt được những kết quả nêu trên, nhưng công tác xây dựng pháp luật của Ủy ban còn những hạn chế nhất định, cụ thể như cho đến nay vẫn chưa tổ chức được các cuộc làm việc giữa UBPL với các cơ quan, tổ chức có kiến nghị đưa dự án vào Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh của Quốc hội trong cả nhiệm kỳ và hàng năm, do đó còn thiếu những thông tin, căn cứ cần thiết phục vụ cho phiên họp thẩm tra, cũng như kiến nghị đưa hay không đưa dự án vào Chương trình. Đây là một trong những nguyên nhân dẫn đến việc quá trình thực hiện Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh của Quốc hội vẫn phải điều chỉnh, một số dự án phải đưa ra khỏi Chương trình hoặc tiến độ xây dựng dự án bị chậm lại.
Về phương pháp làm việc, Ủy ban chưa tổ chức được việc lấy ý kiến của các chuyên gia về các dự án luật, pháp lệnh; chưa xây dựng được đội ngũ cộng tác viên thường xuyên trong công tác xây dựng pháp luật; Chưa tổ chức được nhiều hoạt động khảo sát thực tiễn nên cũng có ảnh hưởng nhất định đến chất lượng hoạt động thẩm tra. Đối với dự thảo luật, pháp lệnh, nghị quyết do UBPL chủ trì thẩm tra đã được Quốc hội, UBTVQH xem xét, cho ý kiến thì việc chỉnh lý chủ yếu do Thường trực Ủy ban đảm nhiệm, trong nhiều trường hợp Thường trực Ủy ban cũng không có điều kiện làm việc tập thể để tiếp thu chỉnh lý mà thường phân công cho một số thành viên trong Thường trực do một Phó chủ nhiệm Ủy ban phụ trách cùng với bộ phận giúp việc phối hợp với cơ quan soạn thảo và cơ quan hữu quan nghiên cứu chỉnh lý. Việc làm này chưa thực sự phát huy được trí tuệ của tập thể Ủy ban nói chung và của Thường trực Ủy ban nói riêng.
Bên cạnh đó, mỗi phiên họp của Ủy ban thường kéo dài từ 7 đến 10 ngày nên việc thẩm tra đối với nhiều dự án chỉ dừng lại ở việc thảo luận các vấn đề lớn hoặc các nội dung có ý kiến khác nhau mà chưa đi sâu vào các điều khoản cụ thể trong dự án. Đây là một hiện tượng không bình thường trong công tác xây dựng pháp luật vì Quốc hội, UBTVQH thảo luận, thông qua dự án luật, pháp lệnh nhưng không phải mọi điều, khoản trong dự thảo đều được nghiên cứu, xem xét một cách kỹ lưỡng, thấu đáo. Bảo đảm tính hợp hiến, hợp pháp và tính thống nhất của hệ thống pháp luật là nhiệm vụ quan trọng của UBPL, nhưng trên thực tế việc thực hiện còn nhiều bất cập. Nhiều dự án luật, pháp lệnh Thường trực Ủy ban không có thời gian để tổ chức thảo luận, tham gia ý kiến với các Ủy ban khác mà chỉ phân công cho một số thành viên trong Thường trực Ủy ban tham gia, phát biểu ý kiến cá nhân. Mặc dù quy trình đã đơn giản đi nhiều, nhưng có nhiều trường hợp thành viên Ủy ban được phân công cũng không tham dự đầy đủ các cuộc họp do Ủy ban chủ trì thẩm tra tổ chức.
Nguyên nhân của những hạn chế nêu trên là do cơ quan kiến nghị về Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh không thực hiện đúng các quy định của Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật, trong đó không nêu rõ về sự cần thiết, phạm vi và đối tượng điều chỉnh, nội dung cơ bản, nguồn lực, khả năng thực thi, tiến độ chuẩn bị và chất lượng của dự án... hoặc nếu có thì cũng chỉ là những phác họa. Nhiều dự án luật, pháp lệnh chuẩn bị chậm, thường chỉ gửi đến Ủy ban trước phiên họp thẩm tra 1-2 ngày, thậm chí có dự án được phát cho đại biểu ngay tại phiên họp thẩm tra đã gây khó khăn không nhỏ tới công tác tổ chức phiên họp cũng như thảo luận thẩm tra. Việc tổ chức các phiên họp thẩm tra của Ủy ban thường bị động, phụ thuộc vào việc chậm có Tờ trình dự án. Đối với một số dự án, sau khi Ủy ban tiến hành thẩm tra thì cơ quan trình dự án lại tiếp thu ngay ý kiến của Ủy ban để soạn thảo lại Tờ trình và dự thảo nên đã gây nhiều khó khăn cho việc chuẩn bị, hoàn thiện báo cáo thẩm tra; có trường hợp Ủy ban đã phải tổ chức thẩm tra lại ngay tại kỳ họp Quốc hội. Một số dự án luật trình Quốc hội có chất lượng chưa tốt như dự án Luật đăng ký bất động sản, dự án Bộ luật thi hành án... nên phải đưa ra khỏi chương trình hoặc dành nhiều thời gian để chuẩn bị kỹ thêm.
Việc Quốc hội cho ý kiến đối với các dự án luật thường chưa cụ thể, đối với những vấn đề lớn, nhất là những vấn đề có ý kiến khác nhau, khi thảo luận Quốc hội lại không tiến hành biểu quyết để làm cơ sở cho việc chỉnh lý. Trong quá trình chỉnh lý, nhiều trường hợp cơ quan trình dự án và các cơ quan hữu quan cử người không đúng thành phần hoặc không đủ thẩm quyền làm cho công tác chỉnh lý gặp khó khăn, kém hiệu quả. Việc mời họp để tham gia thẩm tra, chỉnh lý dự thảo luật, pháp lệnh của các Ủy ban chủ trì thẩm tra còn chưa được thực hiện thống nhất, dẫn đến tình trạng có Ủy ban mời đại diện Thường trực UBPL, có Ủy ban không mời, có Ủy ban mời nhưng Thường trực UBPL không cử người đến dự được.
Những quy định của pháp luật hiện hành về trình tự, thủ tục để UBPL thực hiện nhiệm vụ bảo đảm tính hợp hiến, hợp pháp, tính thống nhất của hệ thống pháp luật đối với các dự án trước khi thông qua còn chưa cụ thể, chưa phân định rõ nhiệm vụ, quyền hạn của tập thể Ủy ban, của Thường trực Ủy ban. Hơn thế nữa, theo quy định hiện hành việc bảo đảm tính thống nhất của hệ thống pháp luật, còn có trách nhiệm của Ban công tác lập pháp thuộc UBTVQH, cách tổ chức này trên thực tế dẫn đến chồng chéo chức năng, nhiệm vụ với UBPL và không rõ ràng trách nhiệm.