Tại các Kỳ họp thứ Năm, Kỳ họp thứ Sáu, QH Khóa XII cử tri đã nhiều lần kiến nghị về những vấn đề chưa hợp lý trong cơ chế quản lý, điều hành xuất khẩu gạo như: điều hành xuất khẩu chưa theo hướng gắn sản xuất với bao tiêu sản phẩm, phát triển công nghiệp chế biến, xây kho dự trữ lúa, giúp nông dân ổn định sản xuất. Báo cáo với Đoàn giám sát, đại diện Bộ Công thương cho biết: sau khi nhận được kiến nghị của cử tri, Bộ đã tích cực triển khai xây dựng dự thảo Nghị định kinh doanh xuất khẩu gạo nhằm hoàn thiện thể chế quản lý nhà nước đối với hoạt động xuất khẩu gạo; tăng cường vai trò của của các cơ quan quản lý nhà nước và các địa phương; điều phối hoạt động xuất khẩu gạo theo hướng bảo đảm tạo lập môi trường kinh doanh lành mạnh, bảo đảm hài hòa lợi ích của các chủ thể tham gia hoạt động kinh doanh xuất khẩu lúa gạo. Dự thảo Nghị định này sẽ được trình Thường trực Chính phủ cho ý kiến trong thời gian tới. Còn đại diện Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết: đến nay, Bộ đã hoàn thiện Đề án đầu tư xây dựng 4 triệu tấn kho dự trữ lúa gạo để bảo đảm có đủ dung lượng kho chứa tập trung thu mua lúa gạo cho nông dân. Theo kế hoạch đến cuối năm 2011, 4 triệu tấn kho dự trữ này sẽ hoàn thành. Trong năm nay sẽ cơ bản hoàn thành xây dựng hệ thống chợ đầu mối nông sản ở các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long để thu mua hết lúa hàng hóa cho nông dân và bảo đảm chủ động nguồn hàng xuất khẩu.
Giải trình việc giải quyết kiến nghị của cử tri về vai trò, tổ chức hoạt động của Hiệp hội lương thực Việt Nam (VFA), đại diện các bộ, ngành và VFA khẳng định: công tác điều hành xuất khẩu gạo nói chung, vai trò, chức năng của VFA trong công tác điều hành xuất khẩu gạo nói riêng đã được thực hiện theo đúng quy định pháp luật. Cụ thể, Bộ Công thương được giao nhiệm vụ chỉ đạo hoạt động xúc tiến thương mại, phát triển thị trường xuất khẩu, chủ trì cùng các cơ quan hữu quan và Tổ công tác điều hành xuất khẩu gạo theo dõi tình hình thị trường lúa gạo trong và ngoài nước; VFA được giao đảm nhận vai trò điều phối trong hoạt động xuất khẩu gạo, bao gồm các hoạt động tăng cường xúc tiến thương mại, phát triển thị trường xuất khẩu, hướng dẫn khung giá và tổ chức đăng ký các hợp đồng xuất khẩu linh hoạt đối với các hợp đồng thương mại. Đại diện Bộ Công thương khẳng định: việc giao VFA thực hiện đăng ký hợp đồng và kiểm soát giá sàn xuất khẩu là hợp lý nhằm giảm sự can thiệp của cơ quan hành chính đối với hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp; góp phần xóa bỏ cơ chế xin – cho, bảo đảm số liệu và thông tin chính xác, kịp thời phục vụ công tác điều hành xuất khẩu của các cơ quan quản lý nhà nước.
Chưa tán thành với giải trình của các bộ, ngành và VFA, Trưởng ban Dân nguyện Trần Thế Vượng chỉ rõ: quy định về quyền hạn của VFA do Bộ Nội vụ phê duyệt là trái với quy định tại Điều 9, Luật Thương mại; trái với tôn chỉ, mục đích của Hiệp hội. Chưa kể, việc VFA ban hành Quy chế bắt buộc các doanh nghiệp, kể cả doanh nghiệp không phải là thành viên VFA cũng phải thực hiện việc đăng ký hợp đồng xuất khẩu mới được làm tờ khai hải quan để xuất khẩu là đã thực hiện nhiệm vụ của cơ quan quản lý nhà nước. Điều này là trái với nguyên tắc quản lý nhà nước. Một số thành viên Đoàn giám sát nhấn mạnh: từ luật đến nghị định của Chính phủ đều khẳng định vai trò chủ trì của Bộ Công thương trong công tác điều hành xuất khẩu gạo chứ không giao trách nhiệm cho VFA. Bộ Công thương, các cơ quan hữu quan cần sớm nghiên cứu, đề nghị Chính phủ ban hành một cơ chế quản lý điều hành xuất khẩu gạo hợp lý hơn; xử lý dứt điểm tình trạng đặc quyền, đặc lợi của VFA.