Tại phiên họp, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân cho biết, do yêu cầu công tác, Bộ Chính trị đã phân công Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Ban cán sự, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Trương Quang Nghĩa tham gia Ban Chấp hành, Ban Thường vụ và giữ chức vụ Bí thư Thành ủy Đà Nẵng nhiệm kỳ 2015- 2020.
Đồng thời, Bộ Chính trị đồng ý để Tổng Thanh tra Chính phủ Phan Văn Sáu thôi giữ chức vụ hiện tại để tham gia Ban chấp hành, Ban Thường vụ và giữ chức vụ Bí thư Tỉnh ủy Sóc Trăng nhiệm kỳ 2015- 2020.
Chủ tịch Quốc hội nhấn mạnh, để hoạt động điều hành của Chính phủ được thuận lợi, sau một thời gian chuẩn bị, các cơ quan có thẩm quyền đã khẩn trương tiến hành các thủ tục giới thiệu nhân sự để trình Quốc hội xem xét miễn nhiệm, phê chuẩn theo đúng quy trình công tác cán bộ của Đảng và Nhà nước. Với yêu cầu đặt ra là phải đảm bảo sự lãnh đạo của Đảng, đồng thời phát huy dân chủ trong hoạt động Quốc hội, đề nghị các đại biểu Quốc hội nghiên cứu kỹ tờ tình và tài liệu về nhân sự kèm theo để sau khi Thủ tướng đọc Tờ trình sẽ về Đoàn Đại biểu Quốc hội để thảo luận.
Trình bày Tờ trình đề nghị phê chuẩn việc miễn nhiệm chức vụ Bộ trưởng Bộ Giao thông- Vận tải và Tổng Thanh tra Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc nêu rõ, căn cứ vào điều 98 Hiến pháp năm 2013, Luật tổ chức Chính phủ và Thông báo kết luận của Bộ Chính trị về giới thiệu nhân sự lãnh đạo của các cơ quan nhà nước nhiệm kỳ 2016- 2021, đề nghị Quốc hội xem xét phê chuẩn miễn nhiệm chức vụ Bộ trưởng Bộ Giao thông- Vận tải và miễn nhiệm chức vụ Tổng thanh tra Chính phủ nhiệm kỳ 2016- 2021.
Sau khi Thủ tướng trình bày tờ trình, các đại biểu Quốc hội tiến hành thảo luận về phê chuẩn việc miễn nhiệm các chức vụ trên theo từng Đoàn.
Theo chương trình kỳ họp, vào chiều 25/10, Trưởng Ban Công tác đại biểu Trần Văn Túy, báo cáo kết quả thảo luận tại Đoàn đại biểu Quốc hội về phê chuẩn việc miễn nhiệm các chức vụ này. Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc giải trình, tiếp thu ý kiến đại biểu Quốc hội. Nhân sự được miễn nhiệm phát biểu ý kiến (nếu có).
Quốc hội thành lập Ban kiểm phiếu. Quốc hội phê chuẩn việc miễn nhiệm chức vụ bằng hình thức bỏ phiếu kín.
Sau khi Trưởng Ban kiểm phiếu công bố kết quả kiểm phiếu, Quốc hội biểu quyết, thông qua Nghị quyết về phê chuẩn việc miễn nhiệm chức vụ Bộ trưởng Bộ Giao thông- Vận tải và chức vụ Tổng Thanh tra Chính phủ.