Phát biểu tại phiên họp, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Lê Vĩnh Tân cho biết, dự án Luật tín ngưỡng, tôn giáo được xây dựng nhằm để thể chế hóa quan điểm của Đảng và Hiến pháp năm 2013 về quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo và khắc phục những bất cập, những tồn tại của pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo hiện hành phù hợp với điều ước quốc tế và liên quan đến quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo mà Việt Nam của chúng ta là nước thành viên. Với mục tiêu đó, Ban soạn thảo dự án Luật cũng đã tích cực và phối hợp với các cơ quan thẩm tra là Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội tiếp thu ý kiến của các cơ quan, các tổ chức có liên quan trong và ngoài nước. Đặc biệt là ý kiến đóng góp của các vị đại diện, của các tôn giáo để chỉnh lý hoàn thiện dự án luật.
Thảo luận tại hội trường về điều kiện thời gian để công nhận tổ chức tôn giáo, các đại biểu còn đưa ra nhiều ý kiến khác nhau. Có nhiều đại biểu yêu cầu giữ nguyên thời hạn 10 năm như dự thảo trình Quốc hội tháng vào 10/2015. Tuy nhiên, cũng có đại biểu đồng tình với việc giảm thời hạn này xuống 5 năm như dự thảo trình Quốc hội lần này. Trong khi đó, một số đại biểu khác lại cho rằng, quy định 5 năm vẫn là dài và đề nghị Ban soạn thảo tiếp tục giảm thời hạn này xuống mức dưới 5 năm. Thậm chí, cũng có ý kiến đề nghị khi đăng ký có thể công nhận luôn
Trước nhiều băn khoăn của các đại biểu về điều kiện thời gian để công nhận tổ chức tôn giáo quy định tại Khoản 1, Điều 21 của dự thảo Luật, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Lê Vĩnh Tân cho biết, để có thể thấy rõ phương thức hoạt động của tổ chức tôn giáo, những ảnh hưởng trong hoạt động của các tổ chức tôn giáo trong thực tiễn thì việc quy định các tổ chức tôn giáo phải có thời gian hoạt động ổn định và liên lục là cần thiết. Bộ trưởng Lê Vĩnh Tân cho biết, quy định mức thời hạn 5 năm cũng là phù hợp theo nguyện vọng đa số của các tổ chức tôn giáo. Do vậy, về nội dung này, Bộ trưởng Lê Vĩnh Tân bày tỏ quan điểm vẫn giữ nguyên quy định như trong dự thảo. Cụ thể, các tổ chức tôn giáo được công nhận khi hoạt động ổn định, liên tục từ đủ 05 năm trở lên kể từ ngày được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo (Khoản 1, Điều 21).
Liên quan đến ý kiến của đại biểu về việc đề nghị bỏ nội dung quy định đặt tên các tổ chức tôn giáo trùng với tên danh nhân vì hiện nay nước ta vẫn chưa có danh sách chính thức về các danh nhân và bổ sung việc cấm đặt tên các tổ chức tôn giáo trùng với các nhân vật phản diện, vi phạm truyền thống lịch sử, văn hóa dân tộc, được đề cập tại Điều 18 và Điều 25 của dự thảo, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Lê Vĩnh Tân cho biết, mặc dù chưa có sự thống nhất về danh sách danh nhân, nhưng thực tế không có việc lợi dụng tên của những người có công với đất nước, với dân tộc để lôi kéo nhằm trục lợi. Do vậy, Ban soạn thảo vẫn giữ nguyên quan điểm như dự thảo.
Về việc bổ sung cấm đặt tên những nhân vật phản diện, Ban soạn thảo cho rằng không nhất thiết phải quy định như vậy, vì nội dung này sẽ rơi vào nội dung quy định về các hành vi bị nghiêm cấm tại Điều 5. Mặt khác, Bộ trưởng Lê Vĩnh Tân cho biết, trên thực tế cũng không thể có hiện tượng đặt tên như vậy vì các tín đồ sẽ không đồng ý.
Đối với các góp ý khác, liên quan đến cơ cấu tổ chức tôn giáo; quy định rõ giấy tờ chứng minh địa điểm hợp pháp; thủ tục hành chính…Bộ trưởng Lê Vĩnh Tân cho biết, Ban soạn thảo sẽ tiếp thu để có sự điều chỉnh phù hợp hơn.