Hiện tại, Bộ Giao thông - vận tải có 15 tổng công ty nhà nước do Bộ trưởng quyết định thành lập, hoạt động chủ yếu trong lĩnh vực xây lắp, công nghiệp, dịch vụ, vận tải... nắm giữ những nguồn lực quan trọng trong xây dựng kết cấu hạ tầng giao thông, sản xuất phương tiện, máy móc thiết bị, vận tải, khai thác cảng hàng không, sân bay. Theo Báo cáo tài chính năm 2006 -2007, ước thực hiện năm 2008: chỉ có các doanh nghiệp thuộc khối công nghiệp, thương mại và dịch vụ hoạt động sản xuất kinh doanh có lãi, tình hình tài chính tương đối ổn định. Nhưng khối xây lắp gặp nhiều khó khăn do vốn nhà nước đầu tư cho các doanh nghiệp này quá thấp (chỉ khoảng dưới 8% với tổng số vốn kinh doanh của doanh nghiệp). Bộ Xây dựng hiện quản lý 14 Tổng công ty và 1 Công ty độc lập; đã hoàn thành cơ bản việc sắp xếp cổ phần hóa các doanh nghiệp độc lập trực thuộc Bộ; chuyển giao quyền đại diện chủ sở hữu nhà nước tại 1 Tổng công ty; chuyển đổi 13 tổng công ty sang hoạt động theo mô hình mẹ-con và đang hoàn thành Đề án thành lập hai Tập đoàn kinh tế. Năm 2008, tình hình sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp thuộc Bộ đã có sự tăng trưởng cả về doanh thu và lợi nhuận thực hiện; vốn và tài sản nhà nước tại các doanh nghiệp này được bảo toàn và phát triển; khả năng thanh toán có nhiều chuyển biến tích cực. Tuy nhiên, Bộ Xây dựng cũng thừa nhận hiệu quả sản xuất, kinh doanh của nhiều doanh nghiệp chưa cao.
Bộ Giao thông - Vận tải và Bộ Xây dựng đề nghị Quốc hội và Chính phủ xem xét sửa đổi một số quy định của Luật Đất đai; rà soát, sửa đổi bổ sung các văn bản liên quan đến quyền và nghĩa vụ của chủ sở hữu để làm rõ quyền và trách nhiệm của các Bộ, đặc biệt là Bộ Tài chính và các Bộ trong việc giám sát và đánh giá hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp; làm rõ cơ chế phân công thực hiện các chức năng đại diện chủ sở hữu đối với các tập đoàn, tổng công ty 91 và thành lập một cơ quan độc lập để thực hiện chức năng đại diện chủ sở hữu tách khỏi các bộ chủ quản để thực hiện chức năng giám sát, quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp...
Ghi nhận các kiến nghị trên nhưng Đoàn giám sát cũng thẳng thắn chỉ rõ: các kiến nghị này chưa đi vào thực chất hoạt động của các tập đoàn, tổng công ty nhà nước thuộc quản lý của Bộ Xây dựng và Bộ Giao thông - Vận tải, nhất là các tập đoàn, tổng công ty thuộc quản lý của Bộ Giao thông - vận tải, hiệu quả hoạt động rất kém. Việc thực hiện chức năng quản lý nhà nước đối với các tập đoàn, tổng công ty của Bộ Giao thông - Vận tải và Bộ Xây dựng cũng còn nhiều hạn chế. Trong khi cơ chế chính sách nhà nước đã chuyển đổi căn bản theo kinh tế thị trường thì Bộ Giao thông - Vận tải vẫn duy trì hình thức Văn phòng tổng công ty quản lý doanh nghiệp và một số cơ chế bao cấp... Đoàn giám sát yêu cầu Bộ Giao thông - Vận tải và Bộ Xây dựng tiếp tục báo cáo bổ sung, đánh giá chi tiết những mặt được, chưa được và tập trung vào vấn đề cốt lõi của chuyên đề giám sát tối cao của QH là mô hình tập đoàn và tổng công ty của hai Bộ vận hành như thế nào? Tính pháp lý cũng như vai trò quản lý của Bộ với tư cách là chủ sở hữu đối với các tập đoàn, tổng công ty trong mối quan hệ với các Bộ tổng hợp và Thủ tướng Chính phủ ra sao?... để Đoàn giám sát nghiên cứu trình UBTVQH trong Phiên họp tháng 8 tới.