Thách thức lớn nhất của việc bảo đảm an ninh lương thực dài hạn của Việt Nam là giữ ổn dịnh diện tích đất lúa, tăng cường đầu tư hệ thống thủy lợi, nâng cao tỷ lệ nông dân được đào tạo… Thống kê của Bộ NN và PTNT cho thấy, nếu diện tích trồng lúa năm 2000 là gần 4,47 triệu ha, thì đến năm 2006, diện tích này đã giảm xuống còn 4,13 triệu ha (tức đã giảm 316 nghìn ha), trung bình mỗi năm giảm tới 50 nghìn ha. Đất trồng lúa chủ yếu được chuyển sang các mục đích phi nông nghiệp, đặc biệt là làm các khu công nghiệp, khu đô thị mới, sân golf... Đáng chú ý, trong số hơn 316.000 ha đất lúa đã chuyển đổi, có rất nhiều diện tích đã được đầu tư hệ thống thuỷ lợi kiên cố, với giá trị ước tính khoảng 5.000-7.000 tỷ đồng. Trong khi, tổng vốn đầu tư cho xây dựng thủy lợi giai đoạn 2002-2007 cũng chỉ đạt gần 13.500 tỷ đồng, bình quân trên 2.200 tỷ đồng/năm, diện tích lúa được tưới từ công trình thủy lợi đạt 85%. Chưa kể, hệ thống thủy lợi phục vụ cho các loại cây trồng khác, phục vụ nuôi trồng thủy sản hầu như chưa được quan tâm. Hệ quả là, trong giai đoạn 2003-2007, sản lượng lúa “dậm chân tại chỗ” ở mức xấp xỉ 36 triệu tấn/năm. Sản lượng lúa dùng để tiêu thụ trong nước khoảng 75-80% và tổng lượng tiêu thụ sẽ tăng bình quân 1%/năm cho tới khi ổn định quy mô dân số ở mức 120 triệu người vào năm 2035. Theo dự báo của Bộ NN và PTNT, mỗi năm nước ta gieo trồng được 7,2 triệu ha lúa và tổng sản lượng lúa năm 2010 có thể đạt 37,58 triệu tấn, năm 2015 là 38,75 triệu tấn và đến 2020 sẽ đạt 39,63 triệu tấn. Trong đó, lượng tiêu thụ trong nước sẽ tăng từ 27,6 triệu tấn (năm 2007) lên 33,2 triệu tấn (năm 2020), đồng thời sản lượng lúa dành cho xuất khẩu trong giai đoạn này cũng dao động trong khoảng 6,34 – 8,3 triệu tấn, tương đương 3,8-4,5 triệu tấn gạo.
Như vậy, về cơ bản an ninh lương thực của nước ta sẽ được bảo đảm nhưng để đạt được mục tiêu này, Bộ NN và PTNT kiến nghị phải giữ được ít nhất 3,9 triệu ha đất trồng lúa trong bối cảnh tốc độ lấy đất nông nghiệp làm đất đô thị, khu công nghiệp tại nhiều tỉnh trọng điểm về trồng lúa đang diễn ra ngày càng mạnh mẽ. Thứ trưởng Bộ NN và PTNT Bùi Bá Bổng cảnh báo, nếu không được kiểm soát chặt chẽ, diện tích đất lúa sẽ giảm rất nhanh và đây chính là nguy cơ lớn nhất mà chiến lược bảo đảm an ninh lương thực quốc gia cần phải giải quyết bởi việc biến đất lúa thành đất ở, đất công nghiệp sẽ kéo theo sự mất đất lúa vĩnh viễn không thể phục hồi. Các nguy cơ khác cũng không thể không kể đến là sự biến đổi khí hậu ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất lúa, sức ép chuyển dịch cơ cấu lao động dẫn đến thiếu lao động nông nghiệp nếu không được cơ giới hóa kịp thời trong khi việc tăng thu nhập cho người trồng lúa gặp rất nhiều khó khăn do giá cả tiêu dùng, vật tư nông nghiệp tăng mạnh.
Bộ NN và PTNT đã đề xuất một số chính sách để bảo vệ và quản lý diện tích lúa trên cơ sở điều tra, cập nhật hiện trạng, phân loại đất lúa của từng tỉnh trong từng giai đoạn. Theo đó, loại đất sản xuất lúa tốt nhất - đất bờ xôi ruộng mật phải được bảo vệ nghiêm ngặt, lâu dài, không chuyển đổi sang bất cứ mục đích sử dụng nào khác. Các loại đất sản xuất lúa hiệu quả trung bình được ưu tiên đầu tư chuyển đổi sang trồng cây lương thực, thực phẩm ngắn ngày hoặc cây thức ăn chăn nuôi nhưng không được chuyển sang mục đích sản xuất nông nghiệp khác hoặc phi nông nghiệp. Loại đất lúa kém hiệu quả thì có thể chuyển đổi nếu không nằm trong quy hoạch đầu tư thủy lợi... Tập trung đầu tư hệ thống thuỷ lợi, bảo đảm 100% diện tích đất 2 lúa, khuyến khích áp dụng cơ giới hoá, khoa học kỹ thuật vào sản xuất lúa gạo, nhất là ở khu vực đồng bằng sông Cửu Long và đồng bằng sông Hồng, đồng thời đầu tư mạnh hệ thống cơ sở hạ tầng phục vụ hoạt động thu hoạch và sau thu hoạch lúa ở những vùng trọng điểm. Ngoài ra, Bộ NN và PTNT kiến nghị: Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án Phát triển lúa gạo bảo đảm an ninh lương thực quốc gia đến năm 2015 và 2020. Đồng thời, thành lập Ủy ban an ninh lương thực quốc gia để chỉ đạo việc thực hiện chiến lược lúa gạo bảo đảm an ninh lương thực trong dài hạn.