Báo cáo kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước khẳng định: tính đến thời điểm 31.12.2007, tình hình tài chính của các doanh nghiệp thuộc 4 Tổng công ty đều lành mạnh; Có 45/49 doanh nghiệp kinh doanh có lãi, bằng 92% số doanh nghiệp được kiểm toán và chỉ có 4 doanh nghiệp kinh doanh không hiệu quả; Về cơ bản, các đơn vị trên đều chấp hành nghiêm túc quy chế quản lý tài chính của Nhà nước, hoạt động kinh doanh có hiệu quả, bảo toàn và phát triển được nguồn vốn mà Nhà nước giao và đóng góp nhiều cho ngân sách Nhà nước; Nhiều đơn vị thành viên của 4 Tổng công ty đã thực hiện đầu tư mở rộng kinh doanh ngoài nhiệm vụ chính, góp phần đa dạng hóa sản phẩm của Tổng công ty trên thị trường, nâng cao khả năng cạnh tranh, bước đầu mang lại hiệu quả...
Trước dư luận cho rằng kết luận của Kiểm toán Nhà nước về hiệu quả sản xuất, kinh doanh của 4 Tổng công ty có phần chủ quan vì tỷ suất lợi nhuận trước thuế trên vốn của chủ sở hữu ở cả 4 Tổng công ty đều quá thấp so với các doanh nghiệp dân doanh bên ngoài, Phó Tổng Kiểm toán Nhà nước Lê Minh Khái cho rằng: xét theo các tiêu chí đánh giá hiệu quả sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp thì 4 Tổng công ty đều làm ăn có hiệu quả. Tuy nhiên, hiệu quả đó có được như mong muốn hay không lại là câu chuyện khác. Về nhận định đầu tư của các Tập đoàn, các Tổng công ty nhà nước không hiệu quả, minh chứng là hệ số Icor của Việt Nam thuộc hàng các nước cao nhất thế giới - là một trong những nguyên nhân gây ra lạm phát như thời gian qua, Phó tổng Kiểm toán Nhà nước Lê Minh Khái khẳng định: Kiểm toán Nhà nước đặc biệt quan tâm đến vấn đề hiệu quả đầu tư khi kiểm toán 4 Tổng công ty và đã kiến nghị các Tổng công ty, các Bộ, ngành và cơ quan chủ quản xử lý, trong đó có cả những kiến nghị liên quan đến trách nhiệm cá nhân.