Căn cứ quy định của Luật An toàn thực phẩm, Nghị định số 38/2012/NĐ-CP ngày 25/4/2012 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật an toàn thực phẩm (sau đây gọi chung là Nghị định số 38/2012/NĐ-CP), công tác quàn lý nhà nước về an toàn thực phẩm đã được đổi mới, chuyển từ quản lý theo công đoạn (cắt khúc theo quy trình sản xuất) sang quản lý theo chuỗi, theo sản phẩm. Mỗi Bộ chịu trách nhiệm quản lý xuyên suốt toàn bộ quá trình từ sản xuất đến kinh doanh đối với loại sản phẩm thuộc phạm vi quản lý; đồng thời để thống nhất quản lý nhà nước về lĩnh vực này, Khoản 2 Điều 61 và Khoản 1 Điều 62 Luật an toàn thực phẩm đã quy định Bộ Y tế là cơ quan chủ trì, chịu trách nhiệm chung trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về lĩnh vực an toàn thực phẩm.

Tuy nhiên, do số lượng và chủng loại sản phẩm thực phẩm ngày càng đa dạng và phong phú, việc chuyển sang quản lý theo sản phẩm và thực hiện nguyên tắc “một cửa, một sản phẩm, một cơ sở sản xuất, kinh doanh chỉ chịu sự quản lý của một cơ quan quản lý nhà nước” (Khoản 5 Điều 19 Nghị định số 38/2012/NĐ-CP) đã dẫn đến khó quy định được hết các loại sản phẩm cần quản lý, theo đó khó xác định rõ ràng trách nhiệm của từng Bộ trong việc quản lý một doanh nghiệp sản xuất nhiều sản phẩm hoặc một dụng cụ, vật liệu bao gói được sử dụng để chứa đựng nhiều sản phẩm thực phẩm thuộc phạm vi quản lý của cả 03 Bộ. Do vậy, để công tác này đạt hiệu quả tốt, 03 Bộ (Bộ Y tế, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công thương) đã ban hành Thông tư liên tịch số 13/2014/TTLT-BYT-BNNPTNT-BCT ngày 09/4/2014 hướng dẫn việc phân công, phối hợp trong quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm; đồng thời, tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm pháp luật về an toàn thực phẩm, nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước trong lĩnh vực này.